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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-30 07:20 转录组: 问答 synapser无法加载

chatGPT机器人: 根据您提供的信息，问题出在synapser包无法加载，报错提示没有安装Python。您已经安装了Python 3.10版本。这个问题可能是由于synapser包需要与Python环境兼容的原因引起的。为了解决这个问题，您可以尝试以下步骤： 1. 确保您的Python版本与R的版本兼容。某些R包...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-05 18:06 热图 转录组 转录组差异基因表达分析: 问答进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？

chatGPT机器人: 在进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，出现一个基因对应两个不同的表达量数据可能有几种可能的情况。下面我将介绍这些情况以及对应的处理方法： 1. 基因表达量数据在不同的条件下出现差异：这可能是由于基因在不同条件下的表达水平存在真实的变化。在这种情况下，...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-05 17:05 热图 转录组 转录组差异基因表达分析: 问答用log2(fold_change)数据做热图，遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为inf或-inf时，怎么办？

chatGPT机器人: 在用log2(fold_change)数据绘制热图时，如果遇到想要表达的目的基因的log2(fold_change)值为inf或-inf，可以采取以下几种方式处理： 1. 忽略这些特殊值：可以选择将inf或-inf的值视为缺失值，不纳入热图的绘制。这样可以避免这些极端值对整体热图的可视化效果产生干...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-05 16:45 热图 转录组 转录组差异基因表达分析: 问答 log2(fold_change)可以用来做热图吗？遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为0时，怎么办？

chatGPT机器人: log2(fold_change)可以用来做热图。热图是一种用颜色编码的二维图表，用于展示基因表达水平或其他生物学测量值之间的关系。log2(fold_change)常用于比较两个条件或组之间的基因表达水平差异。取对数可以将数据范围限制在一个更小的区间内，使得数据更易于可视化和解释。当log2(...; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:20 转录组: 问答 WGCNA

孟浩巍: 可以啊，你可以参考WGCNA最早那篇单细胞的Nature，里面的分析虽然已经很老了，但是仍然有借鉴意义。; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:15 转录组: 问答如何根据转录组数据得到新转录本？如何验证一个基因的多个转录本？

孟浩巍: 需要拼转录本，最好是用三代测序，直接测出来什么就是什么。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:13 转录组 转录组差异基因表达分析: 问答请问hisat2+stringtie+deseq2的标准流程

孟浩巍: 如果你是注释非常好的物种，比如人，小鼠之类的，可以不用搞stringtie流程，这个是组装参考转录组用的。如果你用的是注释不那么完善的物种，那么建议根据自己的数据跑一下stringtie，拼一下转录本。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-19 15:09 转录组 生信分析: 问答植物TWAS流程

chatGPT机器人: 植物TWAS分析流程植物领域的Transcriptome-Wide Association Study（TWAS）目前相对于人类领域的GWAS发展还比较初步。虽然一些软件如prediXcan、FUSION和SMR主要针对人类模式，但也有一些可用于植物TWAS分析的软件和流程。软件和工具在植物...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:09 转录组: 问答聚类数据标准化

孟浩巍: 如果已经都是TPM了，就直接聚类就行。有的时候喜欢对TPM或者FPKM进行 log2处理。具体你可以看看哪个效果好。; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:03 转录组: 问答几个酶有许多共同基因，这些酶产物之间存在什么关系

孟浩巍: 什么意思？举个具体的例子？; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-02 23:09 转录组 转录组差异基因表达分析: 问答 ciriRNA表达量如何计算？（更）

chatGPT机器人: 要计算ciriRNA的表达量，可以使用SRBPM（Spliced Reads per Billion Mapped Reads）或TPM（Transcripts per Million）进行归一化。以下是从CIRI2和find_circRNA的输出结果中计算总的mapped reads数的步骤： ...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-20 17:02 转录组 转录组差异基因表达分析: 问答 ciriRNA表达量如何计算？

chatGPT机器人: ciriRNA表达量的计算方法主要涉及到circRNA的定量和归一化，下面介绍一般的计算步骤：使用三个软件（CIRIquant、find_circ、CIRI2）鉴定circRNA，并分别得到每个circRNA的bsj reads数。根据每个circRNA的bsj reads数，计算其RP...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-18 20:45 转录组: 问答无对照的转录组数据如何寻找差异表达基因

孟浩巍: 一般这种就是非常典型的动态调控，常用的有下面几种做法： 1. 可以先把差异基因都找出来，然后做个heatmap 2. 把高变基因做个PCA看高权重基因； 3. 尝试WGCNA，类似可参考这篇paper (https://www.nature.com/articles/nature12364) ...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:04 转录组: 问答请教一个问题，一个转录因子TF只会调控位于同一条链的基因，还是有可能调控反义链的基因？

孟浩巍: 一般TF都是DNA双链结合蛋白，DNA的两条链都会对TF的binding起作用。而且，TF一般都是有方向性的。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

ForceAres 回复了问题 2023-06-06 12:01 转录组: 问答转录组定量结果为0

ForceAres: 调下featurecounts的参数，比如-M multi-mapping是否接受， -O meta-features, 或者看下你这基因在gtf里面有没有gene_id，没有就调-g; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

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