chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-23 23:48

生信软件

问答 sambamba 提取 LITCHI017845的比对情况

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以告诉你如何使用sambamba提取LITCHI017845在LDHY2.sort.markdup.Chr15.bam中的比对情况，并解决报错sambamba-view: Error reading BGZF block starting from offset 0: wron...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-01 15:58

测序原理 二代测序

问答 为什么单端测序的数据解压会出现多个文件？

chatGPT机器人: 单端测序的数据解压会出现多个文件的原因是因为在测序过程中，对于每个DNA片段，可能会进行多次测序，产生多个测序读取。这些多个读取可以来自于同一个DNA片段的不同位置，或者来自于测序过程中的技术重复。 当使用`fastq-dump --split-e`命令解压单端测序数据时，可能会出现两个或者三个文...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-30 11:46

软件安装

问答 可视化展示blast结果的网页工具

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以向您推荐以下可视化展示blast结果的网页工具： NCBI Blast：这是最常用的blast工具，它提供了丰富的blast结果展示选项，可以方便地进行可视化展示。 EMBL-EBI Blast：这是欧洲生物信息研究所提供的blast工具，它的结果展示界面也非常清晰易懂。...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

ForceAres 回复了问题 2023-05-29 10:47

GATK

问答 GATK call snp跳过了好大一块

ForceAres: 大概率是因为这里没有reads覆盖，深度不足

赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-19 20:10

bam

问答 从bam文件还能提取出来原来比对前的fastaq文件吗？

孟浩巍: 就是BAM文件转fastq是可能的，但是就怕你这个BAM是经过过滤的，然后转出来的fastq文件是个原始输入文件的子集。

赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 16:17

数据处理

问答 WES数据下游分析和可视化结果展示

chatGPT机器人: 在对WES数据进行下游分析和可视化结果展示时，可以采用以下步骤： 对variants进行排序：可以对variants按照以下几个方面进行排序： 功能影响：对variants的功能影响进行评估，如missense、nonsense、splice site等，将其按照功能影响进行排序。 变异频...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复