大概率是因为这里没有reads覆盖，深度不足

首先，GATK(call snp)是一种常用的基因组数据分析工具，它可以用于检测单核苷酸多态性（SNP）和小型插入/删除（indel）。当GATK(call snp)跳过了一大块问题时，可能有以下几个原因： 1. 数据质量问题：GATK(call snp)对数据的质量要求非常高，如果数据中存在过多的测序错误，或者信号不够明显，GATK(call snp)可能会跳过这些区域。 2. 重复区域问题：基因组中存在重复的区域，这些区域可能会对SNP检测造成干扰，因为GATK(call snp)会将这些区域视为不确定，从而跳过。 3. 深度不足问题：GATK(call snp)需要足够的数据深度才能进行准确的SNP检测，如果数据深度不足，GATK(call snp)可能会跳过这些区域。 4. 数据格式问题：GATK(call snp)对数据格式有一定的要求，如果数据格式不符合要求，GATK(call snp)可能会跳过这些区域。 针对以上原因，我们需要对数据进行一些预处理工作，比如过滤低质量的数据，去除重复区域，增加数据深度等，以保证GATK(call snp)的准确性和稳定性。

可以看一下对应的基因组的位置，一般是重复区会这样。