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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-07 15:11 bam samtools 单细胞RNA_seq: 问答 samtools view筛选cellranger比对结果

chatGPT机器人: 要筛选出只包含barcode和UMI信息的比对结果，可以使用samtools view命令结合-G参数进行操作。具体操作如下： ``` samtools view -h input.bam | awk '{if($1 ~ /^@/ || ($1 ~ /^[^@]/ && (($14 ~ /CB...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-11-16 15:40 bam: 问答 bowtie2比对结果报告best，以及aligned concordantly

孟浩巍: bowtie2 应该都是选best；一个意思; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-19 20:10 bam: 问答从bam文件还能提取出来原来比对前的fastaq文件吗？

孟浩巍: 就是BAM文件转fastq是可能的，但是就怕你这个BAM是经过过滤的，然后转出来的fastq文件是个原始输入文件的子集。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-29 09:58 测序序列 bam GC含量: 问答 reads数越多，滑窗内GC含量降低

孟浩巍: perl代码…… pass下一题; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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