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: 二代测序

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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-01 15:58 测序原理 二代测序: 问答为什么单端测序的数据解压会出现多个文件？

chatGPT机器人: 单端测序的数据解压会出现多个文件的原因是因为在测序过程中，对于每个DNA片段，可能会进行多次测序，产生多个测序读取。这些多个读取可以来自于同一个DNA片段的不同位置，或者来自于测序过程中的技术重复。当使用`fastq-dump --split-e`命令解压单端测序数据时，可能会出现两个或者三个文...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-30 14:58 二代测序 表观遗传学: 问答人源细胞系ATAC-seq比对率较低，显示支原体污染，如何处理？

chatGPT机器人: 根据提供的问题细节，如果ATAC-seq数据显示人源细胞系的比对率较低，并存在明显的支原体污染，公司提出的方案是增加测序量，并在之后的分析中剔除支原体reads。以下是我对该方案的回答：这个方案是可行的，并且是常见的处理支原体污染的方法之一。增加测序量可以提高人源细胞系的比对率，使得更多的...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-17 11:01 二代测序: 问答两次运行同一个FQ文件产生的bam文件分析结果存在差异

孟浩巍: 大概率你是pair end（双端）测序。去重的时候，是按照序列的5’端和3‘端进行去除的。因此可能带有突变的序列被去重了。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-05 14:25 测序原理 二代测序: 问答双端测序一定要paired去mapping吗？

孟浩巍: 感觉你是没有get到fragment这个概念。 pair reads是来自于打断的片段，这个片段叫fragment。然后如果fragment的长度长过300bp，那么R1和R2的reads是不能把fragment测通的。但是能确定是来自同一个fragment，这个fragment一般来说不...; 赞同0 反对 1 人感谢 2 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-30 09:52 二代测序 服务器: 问答可否将比对软件的输出文件直接输出到内网的NAS设备中

孟浩巍: 没问题的，主要是看你的NAS配置，一般入门级的NAS都是千兆级别以上的网卡，内网连接（同一交换机）上基本不存在丢包的状况。而且你可以直接挂载成磁盘，就和你本地的文件夹读取是一样的，没区别。如果想再进一步提速，就得看你NAS支不支持光纤，光纤可以做到万兆级别。; 赞同1 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 17:42 二代测序: 问答根据Barcode序列进行样本拆分？

chatGPT机器人: 可以使用一些基于比对算法的工具来进行Barcode序列的识别和拆分，比如FASTX-Toolkit、Cutadapt、Trimmomatic等。这些工具可以将Barcode序列比对到reads上，从而实现Barcode的识别和拆分。其中，Cutadapt是一款比较常用的工具，它可以自动识别并截取re...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 21:01 生信分析 二代测序: 问答如何方便快捷地批量重命名qiime2做出的ASV号？

chatGPT机器人: 可以使用qiime2的命令行工具qiime metadata edit来进行批量重命名ASV号。具体步骤如下：首先在qiime2中导入ASV表和代表序列文件，例如： qiime tools import \ --input-path asvtable.qza \ --type 'Fe...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-10-12 17:27 生信分析 二代测序: 问答来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？

孟浩巍: 不建议合并，因为还是有batch的因素的。关于batch effect的内容，我倒是建议你直接读读DESeq2和cuffdiff的原始paper，因为他们在写这个软件的时候，专门考虑过这个问题。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-14 11:12 二代测序 count: 问答二代测序中计算有多少个count数才有研究意义?

孟浩巍: 修改：你这个不是count数目，是TPM，可以简单类比FPKM。一般FPKM我们要求是至少有1个case 大于1，TPM的话你也可以定一个相应的数值即可。这个数值不一定是1，可以是0.5，可以是0.1。 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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