Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2479: 浏览

Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选

转录组差异基因表达分析

多组转录组学数据打算筛选出组间差异较大的数据进行下一步的聚类和WGCNA，求助有什么方法可以实现~

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-19 11:41

答案：

针对Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选问题，可以采用如下方法：

使用差异表达分析工具，如DESeq2、edgeR或limma等，对多组转录组学数据进行分析，筛选出组间差异较大的基因。
根据筛选出的差异表达基因，进行聚类分析，寻找具有相似表达模式的基因簇，并进行功能注释。
使用WGCNA（Weighted Gene Co-expression Network Analysis）方法，将筛选出的差异表达基因进行分组，构建基因共表达网络，并进行功能模块的富集分析。

通过以上方法，可以对Bulk-RNAseq多组数据进行高效的差异表达基因筛选，为后续的生物学研究奠定基础。

赞同 0 0评论

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-19 15:44

不是应该直接进行聚类然后看看哪些差异大吗？

赞同 0 0评论

关于作者

: 李小歪 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-19 11:39

更新时间: 2023-06-19 15:44

关注人数: 2 人关注

相关问题

数据不平衡: 1602 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？: 2362 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

请问RNA-seq采用poly A(+)策略建库，处理数据时若不去除rRNA会对后续分析有何影响？: 1709 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于几个数据库对GO注释的疑问: 2148 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

GEOquery下载GEO数据软件报错: 2968 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰: 1544 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

为什么单端测序的数据解压会出现多个文件？: 2142 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

基因本体论分析上下调基因差异: 1509 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

单细胞数据整合: 2253 浏览 2 关注 1 回答 1 评论

prokka数据库更新: 1973 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问绵羊转录组测序后差异表达基因太多了: 2812 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？: 1590 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问转录组: 2240 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 samtools 有错误: 1803 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作?: 2649 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 ciriRNA表达量如何计算？（更）: 1698 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问为什么差异基因分析会出现被KO的基因log2FC的数值大于1的情况: 2466 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问不同比对软件出的结果能进行比较吗？: 1672 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 log2(fold_change)可以用来做热图吗？遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为0时，怎么办？: 2412 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025