该问题已被锁定!
2
关注
897
浏览

在很多分析表达谱芯片的教程中,使用limma 包寻找差异表达基因,都是先找到差异表达探针,再把探针注释为基因id,为何不先进行注释再计算差异表达呢?这两种方法有什么区别呢?

查看全部 1 个回答

孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2018-08-31 22:23
我个人的理解是这样的,   1. 芯片在进行设计的时候,并不是1个gene只设计1种probe,而是1个gene设计多种不同的probe,这些probe有的可以代表不同转录本,有的可以代表相同的转录本。   2. 单色芯片的核心假设是,整体gene表达不变,也是基于这个假设对芯片扫描的光点进行校正的。所以,要先比较探针的差异。   3. 最后注释的时候,一般都会有多个probe对1个gene的情况,这个时候可以参考注释文件,来确定probe的设计原则,比如对于相同gene不同转录本都共有区域的probe,则可以选择进行平均差异;对于不同转录本的probe则可以代表不同转录本的差异表达量。   简单来说,芯片的分析都是基于probe的,从扫描到矫正,再到最后的差异检测,注释反而是一个最后的过程。

关于作者

问题动态

发布时间
2018-08-31 22:08
更新时间
2018-09-09 21:07
关注人数
2 人关注

相关问题

请问大家都是用什么做KEGG功能注释的呢
关于 截取某基因前后200bp片段
两次运行同一个FQ文件产生的bam文件分析结果存在差异
关于几个数据库对GO注释的疑问
由cutesv流程鉴定到的SV有特别多的缺失基因型
批量获得基因间区及内含子的突变距离最近的基因外显子的距离
耐药细菌的比较基因组分析流程和机制探索
怎么准确提取某一基因的ATG起始密码子位点
为什么用prokka注释完,都是假设蛋白质
RNA-seq差异分析
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024