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在很多分析表达谱芯片的教程中,使用limma 包寻找差异表达基因,都是先找到差异表达探针,再把探针注释为基因id,为何不先进行注释再计算差异表达呢?这两种方法有什么区别呢?
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在很多分析表达谱芯片的教程中,使用limma 包寻找差异表达基因,都是先找到差异表达探针,再把探针注释为基因id,为何不先进行注释再计算差异表达呢?这两种方法有什么区别呢?
芯片数据分析
比如limma的使用手册中就是先计算出差异表达的探针,再对探针进行注释的。
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孟浩巍
超级管理员
用户来自于: 北京市
2018-08-31 22:23
我个人的理解是这样的, 1. 芯片在进行设计的时候,并不是1个gene只设计1种probe,而是1个gene设计多种不同的probe,这些probe有的可以代表不同转录本,有的可以代表相同的转录本。 2. 单色芯片的核心假设是,整体gene表达不变,也是基于这个假设对芯片扫描的光点进行校正的。所以,要先比较探针的差异。 3. 最后注释的时候,一般都会有多个probe对1个gene的情况,这个时候可以参考注释文件,来确定probe的设计原则,比如对于相同gene不同转录本都共有区域的probe,则可以选择进行平均差异;对于不同转录本的probe则可以代表不同转录本的差异表达量。 简单来说,芯片的分析都是基于probe的,从扫描到矫正,再到最后的差异检测,注释反而是一个最后的过程。
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关于作者
fcdslz
超级管理员
这家伙很懒,还没有设置简介
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发布时间
2018-08-31 22:08
更新时间
2018-09-09 21:07
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