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批量获得基因间区及内含子的突变距离最近的基因外显子的距离

基因组注释

在分析全外显子测序的结果中得到一些基因间区和内含子的突变位点，希望可以知道这个突变是否距离外显子比较近会对基因有一定的影响，因此，想得到这些位点距离外显子的距离。

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-17 21:13

如果是在R里面，可以考虑使用GenomicRange这个包（我之前的Bioconductor视频里专门介绍过），里面有一个求距离的函数。所以你对每个突变位点，对每个gene的每个exon进行求距离，就可以找到最近的exon了。 intron的方式一样，只不过是需要先通过exon来生成intron的region。

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发布时间: 2018-09-17 18:51

更新时间: 2018-09-17 21:13

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