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二代测序中计算有多少个count数才有研究意义?

按照常规的二代测序深度建议：以人为例 mRNA测序 6G clean data； miRNA测序 10 M clean reads；计算差异表达的基因，为了后续进一步研究，我的目的是筛选上调表达这种；我现在的结果根据count-TPM>10 的出来的结果还不错。。那么文章中怎么说明这个问题呢？谢谢！表述不是很清楚，截了个图说明一下，我想问的应该是TPM数 [attach]214[/attach]

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-14 11:12

修改：你这个不是count数目，是TPM，可以简单类比FPKM。一般FPKM我们要求是至少有1个case 大于1，TPM的话你也可以定一个相应的数值即可。这个数值不一定是1，可以是0.5，可以是0.1。 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 我不太明白，你是取的raw read count 数目吗？如果是的话，不应该是整数么？

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发布时间: 2018-09-14 10:55

更新时间: 2018-09-14 11:21

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