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孟浩巍 回复了问题 2018-09-24 17:35 R: 问答求助，安装DESeq2遇到问题

孟浩巍: 试试在安装的时候这么安： [code]>source("https://bioconductor.org/biocLite.R") >options(BioC_mirror="http://bioconductor.org") >biocLite("DESeq2")[/code]; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-24 16:14 测序原理 生信入门: 问答新人求教关于测序以及免疫的问题

孟浩巍: 简单来说吧，genome绝大多数的区域是非gene区，gene的绝大多数是intron，少数是exon（外显子）。而对于一些疾病来说，绝大多数情况下是exon的突变造成的。因此对于这种情况下，如果进行全genome的测序，就会浪费很多测序量，很多时候只测exon就行了，这就是外显子组测序的优势...; 赞同2 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-24 13:27 linux下gcc+安装问题: 问答 sudo apt-get install gcc++出现如下报错该如何解决？系统是：ubuntu14 server 版

孟浩巍: 我看你这个问题好久了，我帮你搜了搜。结果应该是几个包的版本冲突了，得一个一个卸载然后重新安装，如果特别麻烦你就重装系统吧…… 笑哭; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-24 13:20 小白: 问答请问一下大家生物信息学的生物学具体应用

孟浩巍: 我建议收听一下我的知乎Live 《如何快速入门生物信息学》，里面专门讲了这个部分。 [url]https://www.zhihu.com/lives/851804180241846272[/url]; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-24 13:19 RNA_seq: 问答 RNA-seq，样本中存在同一基因对应不同的FPKM值

孟浩巍: 这个是有可能的，因为1个gene对应多个转录本，你看到的是每个转录本的FPKM，你看基因的FPKM应该是合并了这些结果之后的表格。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-24 13:18 R: 问答关于ggplot2画条图的问题

孟浩巍: 提供一个思路，你在循环绘图的时候，获取一下bar的数目，也就是你的显著GO的结果的数目。然后保存图片的时候，用ggsave函数，在里面设置输出的图像的长宽即可。比如bar的数目为10时，你可以设置height为10，bar数目为5的时候设置为5等等。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

辅导辅导员的辅导员 发起了提问 2018-09-23 10:45 无参转录组: 问答无参基因组分析GO富集到了这一步不会做

我筛选完差异基因列表，然后也得到转录本对应的GO号如下但是下一步应该是整理这些GO号，大家都用clusterprofile但是我看了mannual发现用的ID要求的embl，所以。。下一步怎么整理求帮助 [attach]257[/attach] :; 关注问题 1  0  0 评论

YDX 发起了提问 2018-09-22 22:51 生产分析: 问答根据基因表达做生存分析OS取出最合适的cutoff

如何计算生存分析高表达和低表达的最佳的分割点，我算了每个点对应的log-rank pvalue，找到了最小的，但这样往往发现两组的样本量严重不对称，一组有100多个，另一组不到10个。我想请问选择最佳分割点应该有哪些限制:; 关注问题 1  0  0 评论

孟浩巍 回复了问题 2018-09-22 20:17 linux 静态ip设置: 问答请问一下，如何将登陆服务器局域网的ip设置为静态的呢？

孟浩巍: 这个需要去设置你的ip地址： 1. 首先切换到目录 [code]cd /etc/sysconfig/network-scripts[/code]2. 查看里面的内容，这里面存着每个网卡对应的配置文件，比如你有两个网卡，你就有会两个文件名类似ifcfg-em1, ifcfg-em2的文件，找到你对...; 赞同2 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

Emile 回复了问题 2018-09-21 21:32 癌症相关信号通路: 问答通过富集得到了一些信号通路，我想看看这些通路里哪些是和癌症相关的，如何实现呢？

Emile: 1. 看你是用什么数据集进行的富集分析，在数据原网站一般会有对通路的注释，例如前面答主提到的GSEA@ChoneWu； 2. 到KEGG和GO网站去检索，看对应通路的注释; 3. TCGA在今年上半年有分析致癌通路的文章，里面总结了10个致癌通路，可以看一下有没有你富集到的[url]https://...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

as160009071039 回复了问题 2018-09-21 17:13 R语言 画图: 问答请问如何使用R语言绘制散点图

as160009071039: 可是怎么画得跟他一样好看呢; 赞同0 反对 0 人感谢 3 评论 2 回复

ChongWu 回复了问题 2018-09-21 15:17 芯片数据分析: 问答芯片数据去除批次效应一般用什么软件如何操作？

ChongWu: Bioconductor中的[url=http://www.bioconductor.org/packages/release/workflows/vignettes/ExpressionNormalizationWorkflow/inst/doc/genExpNrm.html]Gene Expre...; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-21 14:30 GO分析: 问答为什么我在做go的时候，用clusterProfiler富集没有结果，但是用网站http://geneontology.org/ 做就有很多呢？代码如图

孟浩巍: 有可能是使用的gene 背景不同，你可以把qvalue的cutoff设置成1，pvalue的cutoff也设置成1，把所有的输出结果与你网页上GO的结果对比。仔细查看一下具体富集到某个通路的gene数目。我的经验是，clusterprofile的富集结果更严格一些。DAVID的结果和clust...; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-21 11:31 blast: 问答 blastp后，我想提取score的序列，请问使用python应该怎么写这个脚本

孟浩巍: 问题描述很清楚呀！我给你提供一个思路吧： 1. 建立dict, key是你的蛋白名，value 是一个list，长度为4 对应你的4个物种，里面需要存储你的分数值和蛋白名； 2. 开始循环，获得蛋白名，然后获得这个蛋白名对应的list，根据物种来比较分数，如果分数值大于list中存的分数就替...; 赞同3 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

fcdslz 发起了提问 2018-09-20 22:09 Agilent 芯片数据分析: 问答安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

:; 关注问题 1  0  0 评论

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