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孟浩巍 回复了问题 2018-09-19 08:35 芯片数据分析: 问答小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

孟浩巍: 一般情况下是 A/T 表示ref A 到 T有一个mutation; 赞同1 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

fcdslz 回复了问题 2018-09-19 00:23 服务器: 问答有台Dell工作站，如何配置成服务器

fcdslz: 这个问题有两个解决方案： 1 找个会搞的人解决自己只学使用方法 2 学服务器搭建这个其实也不难但是如果自己平时买有装过操作系统的话建议还是使用方案1 最为简单有效因为学习服务器搭建这种事对于一个经常被电脑折腾的人来说并不困难但是对电脑小白来说还是很麻烦的。上面站长的回答属于方案2...; 赞同1 反对 0 人感谢 6 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-18 22:03 sra文件解压缩: 问答双端测序的sra文件，经过fastq-dump --split-3，出现3个结果是什么原因？如下图

孟浩巍: 可能是提交数据的时候，单端和双端测序的数据混在一起了。建议后续分析的时候可以只用双端。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-18 17:19 基因 转录本 lnc筛选: 问答 lnc筛选

孟浩巍: 一般情况下是都保留。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-18 15:46 R: 问答 Rstudio安装R包时，出现unable to move temporary installation

孟浩巍: 66666666; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-18 14:14 R数据处理: 问答请问一下，R语言环境下，如何在dataframe数据中添加一个key列呢？具体描述见正文

孟浩巍: 那我就给一个R语言的代码吧，比如： [code]> df df a b 1 m 1 2 n 2 3 k 3 4 p 4[/code]那么我们只需要： [code]> key = sprintf("%s.%s",df$a,df$b) > df$key = key > df a b key...; 赞同1 反对 0 人感谢 3 评论 4 回复

刘上 回复了问题 2018-09-18 09:09 stringtie: 问答 stringtie 得到的gtf 通过DESeq2分析后stringtieID 如何转换成esmbleID

刘上: 这是孟叔图片来源的转录组分析文章，以及自己整理的这篇文章的转录组分析流程; 赞同2 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

笨阿牛 回复了问题 2018-09-18 08:42 sra文件解压缩: 问答用ls *sra |while read id; do fastq-dump --split-3 $id;done命令，去解压缩sra文件，出现部分报错是什么原因？

笨阿牛: 已经解决了，用的是aspera; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-17 21:43 富集分析: 问答如何计算富集分析里的差异倍数

孟浩巍: 这个东西吧，就是很简单的倍数关系啊。比如背景值是 2000 / 10000, 你的富集结果是 900/1000，所以你的富集倍数是：就是（900 * 10000) / (2000 * 1000) = 4.5; 赞同1 反对 1 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-17 21:13 基因组注释: 问答批量获得基因间区及内含子的突变距离最近的基因外显子的距离

孟浩巍: 如果是在R里面，可以考虑使用GenomicRange这个包（我之前的Bioconductor视频里专门介绍过），里面有一个求距离的函数。所以你对每个突变位点，对每个gene的每个exon进行求距离，就可以找到最近的exon了。 intron的方式一样，只不过是需要先通过exon来生成int...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

海王坑 回复了问题 2018-09-17 19:53 hmmer lncRNA: 问答请问hemmer是否可以使用转录组搜索HMM库？

海王坑: ###############################谢邀 #hmmer是要用蛋白序列分析的，分析的目的是筛选lncRNA的话，用pfam的数据库; 赞同1 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

minipeach 发起了提问 2018-09-17 18:03 生信问题: 问答基因和染色体，lncRNA，mRNA之间的关系是怎样的？

:; 关注问题 1  0  1 评论

tennify 发起了提问 2018-09-17 17:58 差异表达: 问答 limma中的Removing heteroscedascity from count data和拟合线性模型是什么意思？

代码如下： #Removing heteroscedascity from count data v :; 关注问题 1  0  0 评论

徐寅生 发起了提问 2023-05-18 10:53 WGCNA: 问答 [求助]WGCNA具体参数

请教大家一个问题。WGCNA 里面的数据导出来之后有一个 weight这个变量是什么意思？:; 关注问题 1  0  2 评论

xsp 回复了问题 2018-09-17 14:03 生信分析 生信问题: 问答关于ceRNA网络构建的后续分析有哪些？

xsp: 看文献啊，pubmed搜你网络里节点类型的关键词（例如mRNA，lncRNA，network），大把的文献可以参考。; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

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