怎么寻找某个基因的不同可变剪切形式？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

4: 关注

2060: 浏览

怎么寻找某个基因的不同可变剪切形式？

可变剪切

如题，想寻找EZH2这个基因在患者中的可变剪切形式和对应的表达丰度，不知道用什么软件怎么看呢

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-15 19:31

不同剪切形式，可以用UCSC genome browser去看，比如你说的这个gene [attach]220[/attach] 里面每一行就是1个转录本，就是不同的isoform。至于isoform的定量，现在都不准。你可以用cuffdiff或者stringtie那一套碰碰运气。

赞同 2 1评论

ChaozhongLiu 初级会员用户来自于: 美国
2018-09-15 02:22

我记得cufflinks配合cummeRbund可以做到

赞同 0 1评论

关于作者

: mrfoolish 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

2: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-14 11:55

更新时间: 2023-05-17 18:26

关注人数: 4 人关注

相关问题

获取所有基因的转录起始位点（TSS）: 3852 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

参考基因组添加外源基因序列进行比对: 3292 浏览 2 关注 5 回答 0 评论

植物基因组组装过程中如何去除质体序列: 2118 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

【求助】怎么能画出子网络图: 1197 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

如何根据现有序列找到它们在三代基因组的编号: 2233 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

H3K27ac occupancy怎么定义？: 2631 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

利用GATK的HaplotypeCaller生成GVCF一直报错怎么回事: 2752 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

IOBR包输入基因表达矩阵要求: 1876 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

【求助】如何确定一种基因ID的类型: 3188 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

批量获得基因间区及内含子的突变距离最近的基因外显子的距离: 1707 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 rMATS是如何得到外显子的两种isform的？: 1972 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025