怎么寻找某个基因的不同可变剪切形式？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

4: 关注

2403: 浏览

怎么寻找某个基因的不同可变剪切形式？

可变剪切

如题，想寻找EZH2这个基因在患者中的可变剪切形式和对应的表达丰度，不知道用什么软件怎么看呢

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-15 19:31

不同剪切形式，可以用UCSC genome browser去看，比如你说的这个gene [attach]220[/attach] 里面每一行就是1个转录本，就是不同的isoform。至于isoform的定量，现在都不准。你可以用cuffdiff或者stringtie那一套碰碰运气。

赞同 2 1评论

ChaozhongLiu 初级会员用户来自于: 美国
2018-09-15 02:22

我记得cufflinks配合cummeRbund可以做到

赞同 0 1评论

关于作者

: mrfoolish 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

2: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-14 11:55

更新时间: 2023-05-17 18:26

关注人数: 4 人关注

相关问题

根据GFF和fasta等文件提取某一基因的ATG位点信息，比如具体的位置？: 2145 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于截取某基因前后200bp片段: 2470 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

【求助】如何确定一种基因ID的类型: 3651 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

芯片数据的批次效应对差异表达基因的计算结果影响大不大？: 2117 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

绵羊转录组测序后差异表达基因太多了: 3457 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

请问一下，我的噬菌体基因组fasta文件还是config打头的，是不是需要进一步拼接成scaffold？还是挑选最大的config进行后续分析？: 2066 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

poor oligo synthesis怎么理解，是什么意思呢: 2208 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

通过SRA编号寻找对应的文章: 1971 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

bioPython1.72版本怎么安装，我在Python子文件夹里找到Bio和bioPython1.72.dist-info，可在Python界面就是导不入，有没有大神解答一下: 1581 浏览 0 关注 0 回答 0 评论

H3K27ac occupancy怎么定义？: 2992 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问 rMATS是如何得到外显子的两种isform的？: 2252 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026