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孟浩巍 回复了问题 2018-09-30 10:45 mapping RNASeq数据处理 Live问题: 问答 20170804高通量测序视频中05 mapping.sh报错问题

孟浩巍: 感觉是index的问题，是不是index没有建立完整，参考下面的视频，重新建立一下index试试。第2次Live上机录像：2017-08-04-高通量测序技术交流录像 https://www.bilibili.com/video/av12969326/ 参考基因组的下载与bowtie2 ind...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

ccssooll999 发起了提问 2018-09-29 13:41 软件使用: 问答 cafe 结果可视化如何操作？

cafe 结果可视化一般用什么有大佬能推荐一下么":; 关注问题 1  0  0 评论

孟浩巍 回复了问题 2018-09-29 10:12 染色体: 问答想画一个染色体类似于条形码的图，大家有什么建议

孟浩巍: 我当时是这么解决的，就是把每一个重复区域的起始和终止位点都记录一下，然后画矩形。效果图类似： [attach]276[/attach] 代码类似： [code]hg19_g_band = read.table("~/menghw_HD/reference/hg19_G-band.txt",he...; 赞同3 反对 3 人感谢 0 评论 2 回复

pagu 回复了问题 2018-09-29 00:35 shell脚本学习: 问答编写shell脚本的if循环如下，结果运行的时候出现如下报错？原因是什么？大家学习shell变程的时候推荐哪些视频教程呢

pagu: shell里边的if控制结构，条件是用中括号 [ ] 框起来的，我改了一下可以运行： [code]num1=100 num2=200 if [ ${num1} > ${num2} ] then echo "this ${num1} is great!" else echo "thi...; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

俄二十 回复了问题 2018-09-28 22:27 问题求解 GATK: 问答利用GATK的HaplotypeCaller生成GVCF一直报错怎么回事

俄二十: 加了还是不行，这次貌似是另外一种错误; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

笨阿牛 回复了问题 2018-09-28 09:53 生信入门: 问答想补充生信统计学知识

笨阿牛: 这个问题太好了; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

xsp 回复了问题 2018-09-28 08:45 存储 bas.h5: 问答 pacbio的bas.h5文件转为fastq后为啥变小了？

xsp: 我用vdb-dump解出来了PacBio的SRR1924430的完整的sra文件，emmm，内容很多，比fastq大很多，格式应该是同bas.h5相同或类似。一个sra文件大概能解出来十倍大的fastq(当然，不是我们熟知的fastq，我只是不知道应该管他叫啥，可能就是bas.h5吧)。如图 [a...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

笨阿牛 回复了问题 2018-09-27 17:10 conda 安装deeptools conda: 问答请问一下，使用conda install deeptools之后，出现如下报错，如何解决呢？

笨阿牛: 自问自答吧！ [size=14]conda clean --packages[/size] [size=14]输入上面的命令之后，再安装，居然就好了！完全摸不着头脑[/size]; 赞同1 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

tennify 回复了问题 2018-09-27 15:17 R语言分析数据: 问答调用R包后报错：XXX objects are masked……

tennify: 在一个网站上找到了答案：https://stackoverflow.com/questions/39137110/what-does-the-following-object-is-masked-from-packagexxx-mean，讲解的很详细。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

i_thinking 回复了问题 2018-09-27 15:04 生信问题: 问答 rna-seq数据校正

i_thinking: 好的，感谢孟老师; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

邱风徐来 回复了问题 2018-09-26 14:04 ggplot2基础绘图: 问答如何批量绘制多条折线

邱风徐来: [code]> mat[,1:6] [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [1,] 1778 1.89192605 1778 3.0242247 1778 4.2449375 [2,] 1779 2.52550859 17...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

i_thinking 回复了问题 2018-09-26 09:47 DESe2: 问答关于DESeq2样本聚类的问题

i_thinking: 请问是同一批数据吗？有没有做过标准化？; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

Pancras 回复了问题 2018-09-25 18:47 转录组差异基因表达分析: 问答如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作?

Pancras: 那，大佬。有什么软件能利用tpm进行差异基因比较吗？，也就是基于tpm算出qval、foldchange的; 赞同0 反对 0 人感谢 3 评论 2 回复

xsp 发起了提问 2018-09-25 17:19 数据处理: 问答 SRR1924430的sra数据与hdf5提取的fastq不一致

从SRA下载了SRR194430.sra文件，fastq-dump转为fastq时，出现如下情况 [attach]267[/attach] 不知其因，所以又从EBI下载了SRR1924430的fastq文件，结果，emmm，EBI的fastq文件就是sra转了一部分的那个fastq文件。两个文件都...:; 关注问题 1  0  0 评论

海王坑 回复了问题 2018-09-25 09:55 wget winscp ENCODE: 问答用wget 在服务器上用wget下载ENcode里的chip-seq测序原始数据，提示可以connected,但一直no data received ?

海王坑: nohup wget -c url &(断点续传，多大都能下）; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

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