用ls *sra |while read id; do fastq-dump --split-3 $id;done命令，去解压缩sra文件，出现部分报错是什么原因？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

3: 关注

1167: 浏览

用ls *sra |while read id; do fastq-dump --split-3 $id;done命令，去解压缩sra文件，出现部分报错是什么原因？

sra文件解压缩

另外问一下，大家是如何下载sra文件的，如何检测sra文件的完整性？下载源并没有对应的Md5检测文件呀！

好问题 0 评论收藏举报

3 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-17 21:11

使用prefetch就好，至于完整性…… 成功下载了以后会有提示。

赞同 2 0评论

笨阿牛初级会员用户来自于: 安徽省合肥市
2018-09-18 08:42

已经解决了，用的是aspera

赞同 1 0评论

liuwq 注册会员用户来自于: 北京市
2018-09-17 19:31

sra-tools中好像有个prefetch命令，关于完整性，我认为主要还是看文件大小。

赞同 0 0评论

关于作者

: 笨阿牛 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

14: 回答

0: 文章

17: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-17 17:53

更新时间: 2018-09-18 08:42

关注人数: 3 人关注

相关问题

编写shell脚本的if循环如下，结果运行的时候出现如下报错？原因是什么？大家学习shell变程的时候推荐哪些视频教程呢: 608 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ID mapping: 659 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

【求助】如何确定一种基因ID的类型: 1166 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

SRA、SRP、SRX、RUN等一些列NCBI genebank数据库中的一些缩略词官方解释或者全称，谢谢，虽然做了一段时间生信但是对这些小问题并没有重视，希望大家解答: 807 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？: 890 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

poor oligo synthesis怎么理解，是什么意思呢: 872 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

在GEO profile 下载sra文件，RunInfo Table 和accession list 有什么区别，下载哪个文件: 666 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

aspera SRA 数据批量下载: 1152 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何批量下载SRA数据库中的数据？: 1102 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

sgRNA的GC content 是什么意思，该如何计算: 1044 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问双端测序的sra文件，经过fastq-dump --split-3，出现3个结果是什么原因？如下图: 736 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024