批量获得基因间区及内含子的突变距离最近的基因外显子的距离 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1190: 浏览

批量获得基因间区及内含子的突变距离最近的基因外显子的距离

基因组注释

在分析全外显子测序的结果中得到一些基因间区和内含子的突变位点，希望可以知道这个突变是否距离外显子比较近会对基因有一定的影响，因此，想得到这些位点距离外显子的距离。

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-17 21:13

如果是在R里面，可以考虑使用GenomicRange这个包（我之前的Bioconductor视频里专门介绍过），里面有一个求距离的函数。所以你对每个突变位点，对每个gene的每个exon进行求距离，就可以找到最近的exon了。 intron的方式一样，只不过是需要先通过exon来生成intron的region。

赞同 1 0评论

关于作者

: xilu 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-17 18:51

更新时间: 2018-09-17 21:13

关注人数: 2 人关注

相关问题

enhancer结合ATAC-seq进行下游靶基因的寻找策略: 1352 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢: 1630 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？: 1150 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

3D基因组里，如何分清compartment、TAD和chromatin loop: 2230 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

我想从蠕虫库寄生虫 (wormbase.org)上下载全部的fa文件，请问怎么样才能批量的下载，同时下载的速度可以稍微快一点: 1888 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

关于截取某基因前后200bp片段: 1497 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

如何根据Datamonkey中FUBAR的结果计算该基因的dn/ds值: 1964 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

根据GFF和fasta等文件提取某一基因的ATG位点信息，比如具体的位置？: 1234 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何方便快捷地批量重命名qiime2做出的ASV号？: 1871 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

Linux下，通过循环批量拷贝文件。: 1345 浏览 3 关注 2 回答 1 评论

推荐内容

问一般报告基因组某个碱基突变是指正链还是负链: 1149 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问宏基因组注释率超低: 1497 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如果在基因组中鉴定到病毒序列，如何从生信角度判断它是EVEs还是HGTs: 1256 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问为啥NCBI和ensemble相同版本的基因组注释有这么大的差别？: 1719 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 EVEs和HGTs之间关系如何: 1398 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025