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孟浩巍 回复了问题 2018-10-12 20:02 CDS序列的批量下载: 问答请问一下，如何根据基因名批量下载CDS区的序列？

孟浩巍: 这个问题其实用UCSC genome browser里面的table browser 工具能够非常方便地解决。 [b]第1步，打开 UCSC genome browser里面的table browser；[/b] [url=https://genome.ucsc.edu/]https://gen...; 赞同1 反对 1 人感谢 1 评论 1 回复

刘正 发起了提问 2018-10-12 19:38 GATK: 问答求助GATK 说明书

求助GATK 说明书:; 关注问题 1  0  0 评论

孟浩巍 回复了问题 2018-10-12 17:29 考研: 问答想开始准备考研了，生物工程考生物信息

孟浩巍: 我觉得还是先有目标院校吧~ 然后既然是考研，数学估计是考数学甲（高数，线代，概率论和数理统计），另外英语可以提前先准备一下。选择目标院校以后，再说怎么准备吧~ 放心，群里肯定有你目标院校的师兄师姐，到时候问问他们。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-10-12 17:27 生信分析 二代测序: 问答来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？

孟浩巍: 不建议合并，因为还是有batch的因素的。关于batch effect的内容，我倒是建议你直接读读DESeq2和cuffdiff的原始paper，因为他们在写这个软件的时候，专门考虑过这个问题。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-10-12 17:26 生信入门 生物信息学: 问答生信问题（我也不知道该怎么问）

孟浩巍: TCGA的样本数据可以下载下来，里面包含了年龄性别什么的，然后这个是自己整理的。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

i_thinking 回复了问题 2018-10-11 16:58 hichip: 问答 Hichip得到loop数据如何注释？

i_thinking: 谢谢，孟老师。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

admy 回复了问题 2018-10-11 11:12 生信入门: 问答网页database

admy: [b]送你两个最干最干的干货：[/b] [list] [*][url]http://www.w3school.com.cn/[/url][/*] [/list] [list] [*][url]https://www.freecodecamp.org/[/url][/*] [/list] ...; 赞同2 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

fengling 回复了问题 2018-10-10 18:44 生物信息学: 问答关于基因对某种疾病的影响的问题

fengling: 据我了解，一般分两种思路 A、做大数据分析，即：找N个患有此病的人和正常人，分别测一下这个基因是否存在突变。然后对比一下相关性 B、研究一下这个基因的作用和这个疾病的致病机理; 赞同0 反对 0 人感谢 3 评论 1 回复

城管大队哈队长 回复了问题 2018-10-10 17:49 htseq: 问答 htseqcount和featurecount计数不一样

城管大队哈队长: [attach]309[/attach]; 赞同0 反对 0 人感谢 4 评论 2 回复

minipeach 发起了提问 2018-10-10 17:13 生物信息学: 问答关于cox回归分析问题

请问cox单变量多变量分析是想说明什么问题？:; 关注问题 1  0  0 评论

elementoK 发起了提问 2018-10-10 11:43 生信入门: 问答 tophat报错 & cufflinks安装报错

tophat运行指令如下： [code]nohup tophat2 -p 10 -o ~/desktop/tophat_result/model ~/desktop/mm10/mm10_index ~/desktop/cleandata/mmhcRNA-model.read1_Clean.fastq...:; 关注问题 2  0  0 评论

孟浩巍 回复了问题 2018-10-10 11:05 RNA_seq: 问答 R语言作火山图问题

孟浩巍: 我是觉得绘图命令没啥问题，造成这个现象的原因是你表格本身里面有一些gene没有过滤。我的建议： 1. 对原始的[size=14]cuff_diff表格进行筛选，只保留ctrl或者treat中至少有1个FPKM > 1 的gene；[/size] [size=14]2. 对这些筛选过后的表格...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-10-10 09:35 R. 芯片: 问答如何针对affy表达谱芯片计算结果分析不同样本之间是否表达差异

孟浩巍: 可以使用limma包，具体参考我之前的视频。第9次Live上机录像：20180804-如何使用R语言分析生物芯片数据 [url]https://www.bilibili.com/video/av29802900[/url] 主要内容 [list] [*]生物芯片处理流程及方法概览[/*] [...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

灵动的小猪 回复了问题 2018-10-09 14:01 绘图: 问答怎么画snp密度在染色体上的分布图，例图如下

灵动的小猪: 我是使用ggbio画的，可以把位点信息构成一个GenomicRanges的形式的数据，然后用ggbio的函数画图就可以了; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

fengling 回复了问题 2018-10-09 09:14 转录因子: 问答非已知转录因子预测

fengling: [size=14]blast得知该TF是和一个已知TF同源的序列的话，其实就可以认为这个TF就是那个已知的TF来处理，所以应该可以直接用已知TF的结合位点和靶基因来验证未知TF是否就是已知TF，如果验证成功，那么两者就可以确定是同一种TF。单纯从逻辑上可以做出以上推断。：）[/size]; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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