20170804高通量测序视频中05 mapping.sh报错问题

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20170804高通量测序视频中05 mapping.sh报错问题

[size=14]我在重复在20170804高通量测序的那个视频时，里面介绍了RNA seq的分析流程，在使用视频中的数据和代码时，01.fastqc.sh，02.cutadapt.sh和03.trim.sh应该都是正常运行的，到05 mapping的时候总报错，下面是报错信息，上面是讲没有/data/refrence/mm10/mm10_genome_bowtie2-index.fa，这个是需要的？本来index建好是6个文件的对吧，应该是没有这个文件的吧？ global name 'sys' is not defined这个错误是因为什么问题呢？[/size]

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海王坑前台管理员用户来自于: 北京市
2018-09-29 22:50

骨架代码没问题，for后面还是加个case name 之类的吧，只能多试下，重新建index

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-30 10:45

感觉是index的问题，是不是index没有建立完整，参考下面的视频，重新建立一下index试试。第2次Live上机录像：2017-08-04-高通量测序技术交流录像 https://www.bilibili.com/video/av12969326/ 参考基因组的下载与bowtie2 index的建立（24:45 - 41:00）

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这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2018-09-29 10:40

更新时间: 2018-09-30 10:45

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