SRR1924430的sra数据与hdf5提取的fastq不一致 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

1: 关注

1250: 浏览

SRR1924430的sra数据与hdf5提取的fastq不一致

数据处理

从SRA下载了SRR194430.sra文件，fastq-dump转为fastq时，出现如下情况 [attach]267[/attach] 不知其因，所以又从EBI下载了SRR1924430的fastq文件，结果，emmm，EBI的fastq文件就是sra转了一部分的那个fastq文件。两个文件都是1030条reads。然后下载的SRR1924430_hdf5.tgz解压后，使用工具pbh5tools参数ccs提取fastq，emmm，reads数量：1025条。所以，问题1：为什么会出现如图所示的情况（没有输出的reads是什么，为什么不输出）？问题2：为什么从hdf5文件中提取的reads数量与下载的fastq中reads数量不一致?

好问题 0 评论收藏举报

0 回答

暂无回答

关于作者

: xsp 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

2: 回答

0: 文章

4: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-25 17:19

更新时间: 2018-09-25 17:19

关注人数: 1 人关注

相关问题

安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？: 1132 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

Aspera数据下载报错: 3321 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？: 2025 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

非靶向代谢组数据的PLS/OPLS模型Q2小于0.5，模型还可用吗？: 2415 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

aspera SRA 数据批量下载: 2498 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

Hichip得到loop数据如何注释？: 2201 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

log2后的数据进行Wilcoxon秩和检验对结果存在什么影响？: 2443 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

SRA、SRP、SRX、RUN等一些列NCBI genebank数据库中的一些缩略词官方解释或者全称，谢谢，虽然做了一段时间生信但是对这些小问题并没有重视，希望大家解答: 2055 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

请问一下，R语言环境下，如何在dataframe数据中添加一个key列呢？具体描述见正文: 3075 浏览 4 关注 4 回答 1 评论

通过SRA编号寻找对应的文章: 1659 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 aspera SRA 数据批量下载: 2498 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问蛋白表达矩阵: 1840 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

问最新的cas9蛋白的sgRNA的数据集: 1811 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 fusion TWAS 结果报错NA: 2469 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 WES数据下游分析和可视化结果展示: 2691 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问去除数据中特异值的方法: 2303 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 linux软件安装: 1824 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问数据不平衡: 1701 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 annotatePeak peak基因组注释: 2810 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025