SRR1924430的sra数据与hdf5提取的fastq不一致 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

1: 关注

1619: 浏览

SRR1924430的sra数据与hdf5提取的fastq不一致

数据处理

从SRA下载了SRR194430.sra文件，fastq-dump转为fastq时，出现如下情况 [attach]267[/attach] 不知其因，所以又从EBI下载了SRR1924430的fastq文件，结果，emmm，EBI的fastq文件就是sra转了一部分的那个fastq文件。两个文件都是1030条reads。然后下载的SRR1924430_hdf5.tgz解压后，使用工具pbh5tools参数ccs提取fastq，emmm，reads数量：1025条。所以，问题1：为什么会出现如图所示的情况（没有输出的reads是什么，为什么不输出）？问题2：为什么从hdf5文件中提取的reads数量与下载的fastq中reads数量不一致?

好问题 0 评论收藏举报

0 回答

暂无回答

关于作者

: xsp 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

2: 回答

0: 文章

4: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-25 17:19

更新时间: 2018-09-25 17:19

关注人数: 1 人关注

相关问题

如何一个数据表中第一列都统一删除三个字母保留数字再输出为一个新表: 2846 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）: 2754 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

GEO数据芯片数据基因名转换: 2207 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

chip-seq数据下载有多个SRA: 2870 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

对于BLAST算法在高歌老师的课上提到运用哈希函数和有限自动机的模型去提高数据检索效率，不是很理解其中的原理，希望得到大神们的帮助: 2884 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 2849 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

通过SRA编号寻找对应的文章: 2155 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

Hichip得到loop数据如何注释？: 2826 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

聚类数据标准化: 3163 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

二代测序得到测序数据组装完成后如何进行丰度计算: 2825 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 Chip-seq bam文件的处理: 3797 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 ROSE包分析Super Enhancer: 3005 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问给我一份最新的cas9蛋白的sgRNA的数据集: 2833 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 TWAS联合PWAS做 conditional analysis: 2494 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 fusion TWAS 结果报错NA: 3115 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问验证数据集基因名称: 2344 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 SRA 数据批量下载: 4107 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 linux软件安装: 2337 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何使用seqtk按照比例随机提取单细胞数据？: 3452 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026