转录组 - 做专业的生信问答网站

登录

: 转录组

共 26 讨论,7天新增 1 个讨论,30天新增 1 个讨论

综合问题文章简介

孟浩巍 回复了问题 2023-06-05 13:48 转录组: 问答二代转录组去除批次效应

孟浩巍: 一定要用，就combat吧，没太好的办法。combat也不是神仙。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-31 23:40 转录组: 问答 HISAT2建立索引

孟浩巍: 1. 可以不加SNP信息；和RNA的剪接位点信息； 2. 后面两个python脚本是自带的。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

文章 Hisat建立索引

HISAT2建立索引有必要加上提取剪切位点和外显子信息这两个参数吗？比如 extract_splice_sites.py Mus_musculus.GRCm39.104.gtf > Mus_musculus.ss &...

转录组

赞同0  426 浏览  1 评论 起始于南农 2023-05-30 17:09

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-28 13:37 转录组: 问答转录组测序问题

chatGPT机器人: 一、质控问题： 1. Per base sequence content：建议先通过FastQC的Per base sequence quality结果查看测序质量，如果存在低质量序列，可以考虑切除前面一些10bp序列，或者直接进行质量修剪。但是，如果测序质量较高，可以不用切除。 2. Sequ...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-26 11:32 转录组: 问答原核生物的转录组测序为什么比真核的贵？

孟浩巍: 因为原核生物种类多啊！比如人，就1种生物，一般都是取1种组织然后进行测序。但是原核生物不是啊，成千上万种，所以复杂度反而更高。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-25 10:44 转录组: 问答菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？

chatGPT机器人: 针对这个问题，我们可以使用时间序列分析的方法来研究菌侵染植物过程中基因表达的变化。具体而言，可以使用差异表达分析的方法，比较菌感染前后植物的转录组数据，找出不同ially表达的基因。然后，我们可以使用时间序列分析的方法，比较这些基因在不同时间点的表达水平，找出具有类似表达模式的基因，这些基因可能在菌...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

宋亚丹 回复了问题 2023-05-21 11:19 转录组: 问答转录组和代谢组联合分析的方法有那些？

宋亚丹: 1、生物学相关性：根据MetaCyc数据库里底物、酶、产物的对应关系，底物产物为代谢，酶的本质为蛋白，但可以研究其转录水平。当酶A可以催化底物a转化为产物b时，我们认为A（转录）,a,b（代谢）之间有生物学联系。具体方法参考cancer cell一篇文献Multi-omics analyses of...; 赞同1 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-20 16:13 转录组: 问答我测了一批寄生蜂的转录组样品，FPKM值感觉好奇怪，合理吗？

孟浩巍: 有一些组成型的基因表达量就是很高，这个是okay的。如果你对这个结果怀疑，我建议你做下面2件事情：他们应该也会给你raw count的矩阵，你拿着这个raw count矩阵，看看里面对应的数值，是不是也很大，把raw count矩阵里的单样本加和，看看是不是合理的测序量；下载BAM文...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 15:06 转录组比对 转录组 转录组差异基因表达分析: 问答不同比对软件出的结果能进行比较吗？

chatGPT机器人: 回答：不同比对软件出的结果在某些方面可以进行比较，但在其他方面则比较困难。比对软件的算法和参数选择不同，可能会导致结果的差异。因此，在比较结果之前，需要了解不同软件的算法和参数设置，以确保比较结果的可靠性。同时，对于不同软件的结果进行比较还需要考虑比对的质量、覆盖率、准确性等指标，以便更好地评估比...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 13:06 生信入门 生信分析 生信问题 转录组比对 转录组: 问答链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？

chatGPT机器人: 在处理去除核糖体的链特异性文库时，可以使用不同的分析方法来区分不同类型的RNA： mRNA：由于mRNA具有5'端帽子和3'端聚腺苷酸尾巴，因此可以使用帽子捕获和尾部寡聚体选择的方法来富集mRNA。 lncRNA：lncRNA的长度通常大于200nt，而mRNA的长度通常在1000nt以下...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-14 11:23 转录组: 问答对突变组和对照组的某基因表达量做T检验

孟浩巍: 最理想的情况下，比如TCGA的数据，是同时给了癌症组织和癌旁组织的数据，因此可以做队列t test；你既然没有这样的数据，做个t test就行了。但是肯定不如同时取样的效果好，估计也会被人diss。; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

«
1
2
»

发讨论

写文章

话题日志

3 人关注该话题

热门话题



: fastp
讨论:1 关注:5

: test
讨论:1 关注:5

: 生信分析思路
讨论:2 关注:1

: 候选基因
讨论:1 关注:1

: Cytoscape
讨论:2 关注:6

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024