针对这个问题，我们可以使用时间序列分析的方法来研究菌侵染植物过程中基因表达的变化。具体而言，可以使用差异表达分析的方法，比较菌感染前后植物的转录组数据，找出不同ially表达的基因。然后，我们可以使用时间序列分析的方法，比较这些基因在不同时间点的表达水平，找出具有类似表达模式的基因，这些基因可能在菌侵染植物的过程中具有类似的调控机制，可以被看做是相关的基因。
在实际操作中，可以使用一些统计学习工具，比如DESeq2、edgeR等，进行差异表达分析和时间序列分析。同时，我们还可以使用一些基因网络分析工具，比如WGCNA、Cytoscape等，将相关的基因构建成基因网络，进一步研究这些基因之间的相互调控关系。
在文献方面，这种时间序列分析的方法在生物信息学和生物学领域都有广泛的应用。比如，有一篇文章《Time-series transcriptome provides insights into the gene regulation network involved in the volatile terpenoid metabolism during the flower development of lavender》，就是使用时间序列分析的方法，研究了薰衣草花发育过程中挥发性萜类代谢的基因调控网络。这篇文章可以作为参考，帮助我们更好地理解和应用时间序列分析的方法。
