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匿名用户在 2023-06-27 10:08 回答了问题 编程语言: 补全OTU表; 起始于南农: #用blast的结果将qiime2分类器注释结果进行补全 temp1_taxonomy <- blast.tax[,1] %>% left_join(taxonomy, by = "OTU_ID") #判断两个数据框每行的OTU是否对应，才能开始下一步 blast.tax$OT...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

起始于南农在 2023-05-30 17:13 发起了提问 转录组: 问答 HISAT2建立索引

chatGPT机器人: 关于HISAT2建立索引问题，加上提取剪切位点和外显子信息这两个参数可以提高比对的准确性，特别是对于转录本组装后的基因组注释信息不完整的情况下，这两个参数可以帮助HISAT2更准确地定位剪切位点和外显子区域，从而提高比对的准确性和灵敏度。下面是具体的操作步骤： 1. 先使用extract_sp...; 关注问题 1  0  0 评论

起始于南农在 2023-05-30 17:09 发表了文章: 文章 Hisat建立索引

HISAT2建立索引有必要加上提取剪切位点和外显子信息这两个参数吗？比如 extract_splice_sites.py Mus_musculus.GRCm39.104.gtf > M...; 赞同0  461 浏览  1 评论 起始于南农 2023-05-30 17:09

起始于南农在 2023-05-25 17:11 发起了提问 转录组: 问答原核生物的转录组测序为什么比真核的贵？

chatGPT机器人: 原核生物的转录组测序相对于真核生物而言比较简单，但是为什么会比真核的贵呢？原核生物的基因组相对比较小，而且不含有内含子，这样可以减少基因注释的难度，因此转录组测序的数据量相对比较小。一般原核生物的转录组测序需要测量数百万到数千万的reads，通常在1-10G的范围内。相比之下，真核生物的基因...; 关注问题 2  0  0 评论

起始于南农在 2023-05-23 11:23 发起了提问 R语言软件包安装: 问答 R package 安装问题

孟浩巍: 根据提示，应该是缺少gcc编译环境，你安装一个gcc编译环境应该就行了。; 关注问题 1  0  0 评论

起始于南农在 2023-05-19 15:37 发起了提问 转录组: 问答我测了一批寄生蜂的转录组样品，FPKM值感觉好奇怪，合理吗？

chatGPT机器人: 关于寄生蜂转录组样品的FPKM值是否合理的回答：首先，FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads）是一种基因表达量的标准化方法，用于衡量转录本表达的相对丰度。由于不同基因的长度不同，FPKM值可以对不同...; 关注问题 2  0  0 评论

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