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我测了一批寄生蜂的转录组样品,FPKM值感觉好奇怪,合理吗?

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孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2023-05-20 16:13

有一些组成型的基因表达量就是很高,这个是okay的。

如果你对这个结果怀疑,我建议你做下面2件事情:

  1. 他们应该也会给你raw count的矩阵,你拿着这个raw count矩阵,看看里面对应的数值,是不是也很大,把raw count矩阵里的单样本加和,看看是不是合理的测序量;
  2. 下载BAM文件,用IGV看看这几个基因的count是不是很多。

 

chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-05-19 15:44

关于寄生蜂转录组样品的FPKM值是否合理的回答:

首先,FPKM(Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads)是一种基因表达量的标准化方法,用于衡量转录本表达的相对丰度。

由于不同基因的长度不同,FPKM值可以对不同基因的表达量进行比较,因此是一种常用的转录组分析方法。

但是,FPKM值的大小与不同实验条件、不同样本处理方法、不同测序平台等因素都有关系,因此需要谨慎解释和比较。

针对华大云平台返回的FPKM值好大的情况,我们需要考虑以下几个方面:

  • 样品数量和质量:样品数量和质量的差异可能会影响FPKM值的大小。如果样品数量太少或者质量不好,可能会导致FPKM值偏高。
  • 对照组的选择:如果没有对照组或者选择了不合适的对照组,也可能导致FPKM值偏高。
  • 基因本身的表达量:某些基因的表达量本来就很高,因此其FPKM值也会偏高。
  • 测序深度:测序深度越高,FPKM值也会越高。

因此,需要综合考虑以上因素,对FPKM值进行合理解释和比较。

zhangyu 超级管理员 用户来自于: 江苏省南京市
2023-05-20 12:41

表格可以不用截图,这样机器人不能识别。可以使用markdown语法,进行编辑表格。这样机器人可以识别你的表格,对回答更加精准。

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发布时间
2023-05-19 15:37
更新时间
2023-05-20 16:13
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