如何根据Datamonkey中FUBAR的结果计算该基因的dn/ds值

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关于 截取某基因前后200bp片段

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转座子分类

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在仅有每个样本(有3个repeat)所有转录本的fpkm的情况下，如何利用cuffdiff进行差异基因分析。

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由cutesv流程鉴定到的SV有特别多的缺失基因型

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全基因组关联分析结果与模型选择

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3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢

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批量获得基因间区及内含子的突变距离最近的基因外显子的距离

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EVM整合基因组注释

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enhancer结合ATAC-seq进行下游靶基因的寻找策略

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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