基因表达

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菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？

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WGCNA筛选到感兴趣的模块后，如何找这个模块的hub基因呢？

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无参基因组分析GO富集到了这一步不会做

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VCONTACT2的结果文件genome_by_genome_overview如何进行统计分类

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对突变组和对照组的某基因表达量做T检验

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全基因组关联分析结果与模型选择

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基因组组装

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一个cohort中，某基因count大于多少才有意义？

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已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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