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IOBR包输入基因表达矩阵要求

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IOBR包输入基因表达矩阵tpm,counts，fpkm那种较好？IOBR包能分析标准化后的芯片数据表达矩阵吗？

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-21 21:43

IOBR包输入基因表达矩阵要求问题细节为：

在IOBR包中，输入基因表达矩阵可以使用tpm、counts或fpkm，但是具体使用哪种取决于数据的特点和分析的目的。

tpm(TPM, transcripts per million)：是基于转录本的表达量，考虑到不同转录本的长度和基因的长度差异，tpm可以更准确地反映不同基因的表达量。
counts：是基于基因的计数，可以用于差异表达分析和聚类分析，但是需要注意的是，不同基因的长度差异会对计数结果造成影响。
fpkm(FPKM, fragments per kilobase of exon per million reads)：是基于基因的表达量，考虑到基因长度和读长的影响，可以更准确地反映不同基因的表达量。

IOBR包能分析标准化后的芯片数据表达矩阵吗？

IOBR包主要用于RNA-seq数据的分析，但是也可以用于分析芯片数据的表达矩阵。对于标准化的芯片数据表达矩阵，IOBR包可以进行差异表达分析、聚类分析、GO富集分析等分析。

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发布时间: 2023-06-21 21:41

更新时间: 2023-06-21 21:43

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