耐药细菌的比较基因组分析流程和机制探索

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RNA-seq，样本中存在同一基因对应不同的FPKM值

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bivalent domains 如何计算

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ciriRNA表达量如何计算？（更）

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如何在差异表达前消除批次效应

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请教一个问题，一个转录因子TF只会调控位于同一条链的基因，还是有可能调控反义链的基因？

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宏基因组注释率超低

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想要提取指定基因的行信息

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全基因组关联分析结果与模型选择

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二代测序中计算有多少个count数才有研究意义?

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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