想要提取指定基因的行信息 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

1: 关注

1138: 浏览

想要提取指定基因的行信息

生物信息学

我已经筛选出了差异表达基因，但是存在一行有很多个基因的现象，比如某一行有RPL13AP5///RPL13AP6///SNORD32A///SNORD33///SNORD34///SNORD35A///RPL13A 所以我想用shell脚本把这样的每个基因弄成一行，试了好多种办法，还是没有达到想要的效果，请问各位前辈有没有什么办法可以提供一下？

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

minipeach 前台管理员用户来自于: 重庆市
2018-09-03 14:05

name=`cat /home/Taoct_16/anaysis/ICM/deal/name_deal.txt` for dd in $name do grep $dd 5406.txt >> result1.txt done 这是我提取信息的脚本，其中name_deal.txt是我要提取的所有的基因的名字，5406.txt是我要从中提取的文件

赞同 0 1评论

关于作者

: minipeach 前台管理员
这家伙很懒，还没有设置简介

10: 回答

0: 文章

16: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-03 14:03

更新时间: 2018-09-03 14:06

关注人数: 1 人关注

相关问题

全基因组关联分析结果与模型选择: 1147 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

基因本体论分析上下调基因差异: 950 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

耐药细菌的比较基因组分析流程和机制探索: 907 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？: 1022 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

获取所有基因的转录起始位点（TSS）: 2073 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如果在基因组中鉴定到病毒序列，如何从生信角度判断它是EVEs还是HGTs: 1075 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

grep 能不能指定匹配第多少列？: 1453 浏览 3 关注 2 回答 1 评论

关于tophat2 + cufflinks 得到的差异基因和featureCounts差异基因数目相差太大原因: 1356 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

log2(fold_change)可以用来做热图吗？遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为0时，怎么办？: 1449 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问如何查询某基因的详细的Biological Function？: 1044 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 riboseq中frame指的是什么，是如何确定的，通过riboseq如何知道一个基因的开放阅读框: 1261 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于GO分析的问题: 1068 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于cox回归分析问题: 640 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问在单细胞测序中，不同组的T细胞统计检验方法: 1548 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问怎么准确提取某一基因的ATG起始密码子位点: 1450 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？: 2264 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问根据已知序列查找其第三代基因组编号: 1013 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于基因对某种疾病的影响的问题: 873 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问根据GFF和fasta等文件提取某一基因的ATG位点信息，比如具体的位置？: 1577 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问生信问题（我也不知道该怎么问）: 1802 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025