想要提取指定基因的行信息 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

1: 关注

857: 浏览

想要提取指定基因的行信息

生物信息学

我已经筛选出了差异表达基因，但是存在一行有很多个基因的现象，比如某一行有RPL13AP5///RPL13AP6///SNORD32A///SNORD33///SNORD34///SNORD35A///RPL13A 所以我想用shell脚本把这样的每个基因弄成一行，试了好多种办法，还是没有达到想要的效果，请问各位前辈有没有什么办法可以提供一下？

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

minipeach 前台管理员用户来自于: 重庆市
2018-09-03 14:05

name=`cat /home/Taoct_16/anaysis/ICM/deal/name_deal.txt` for dd in $name do grep $dd 5406.txt >> result1.txt done 这是我提取信息的脚本，其中name_deal.txt是我要提取的所有的基因的名字，5406.txt是我要从中提取的文件

赞同 0 1评论

关于作者

: minipeach 前台管理员
这家伙很懒，还没有设置简介

10: 回答

0: 文章

16: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-03 14:03

更新时间: 2018-09-03 14:06

关注人数: 1 人关注

相关问题

基因表达芯片的分类问题: 986 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？: 1474 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何快速将基因名称转换为基因ID(拟南芥）: 784 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

根据已知序列查找其第三代基因组编号: 621 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

细菌的参考基因组下载: 927 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于截取某基因前后200bp片段: 805 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

转录本坐标转换成基因组坐标: 1202 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

bowtie2 参考基因组注释比对: 1120 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

由cutesv流程鉴定到的SV有特别多的缺失基因型: 819 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

enhancer结合ATAC-seq进行下游靶基因的寻找策略: 608 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 riboseq中frame指的是什么，是如何确定的，通过riboseq如何知道一个基因的开放阅读框: 855 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问生存分析KM-plot交叉问题: 1071 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问基因本体论分析上下调基因差异: 598 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问在单细胞测序中，不同组的T细胞统计检验方法: 1041 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析？: 1069 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 smORF的鉴定方法: 742 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问怎么准确提取某一基因的ATG起始密码子位点: 811 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于几个数据库对GO注释的疑问: 915 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何根据现有序列找到它们在三代基因组的编号: 1161 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于cox回归分析问题: 401 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024