【求助】如何确定一种基因ID的类型 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

4: 关注

1036: 浏览

【求助】如何确定一种基因ID的类型

例如：有三种不同类型的基因ID用于描述玉米的某些基因，如何用R知道，这是属于什么类型的（symbol、ensemble...） 1. Zm00001d035139 Zm00001d025707 Zm00001d046812 Zm00001d031303 2. NR_028022.2 NR_036655.1 NM_001149456.1 XM_008650099.1 3. GRMZM2G010044 GRMZM2G175593 GRMZM2G468111 GRMZM2G152179 GRMZM2G006352 GRMZM2G133988

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

灵动的小猪初级会员用户来自于: 河南省
2018-08-24 00:32

对于NR,NM,XM一类的，根据前面的编号看是什么类型的ID。而你的这个玉米的基因，Zm0000开头的是第四版的ID，GRMZM开头的是第三版的ID，可以在maizegdb网站首页下载他们的对应关系，同时也可以使用ensembl的biomart来进行版本的转换。

赞同 3 0评论

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-24 00:08

这个没有太好的办法，就是凭经验。比如你写的，第一种就特别像玉米的gene id，第二种就是RefSeq，第三种不清楚。我觉得这不是一个特别费心思的事情，首先做一个方向，常见的几种形式需要知道和熟悉，比如ensembl，比如refseq，比如ucsc。其次，看到不熟悉的gene id形式直接就google，然后找到对应命名网站学习命名规则就好。如果非要给个解决方案，可以试试DAVID，里面可以猜你的id是哪种类型。

赞同 2 0评论

关于作者

: 徐寅生 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

10: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-23 22:40

更新时间: 2018-08-24 00:32

关注人数: 4 人关注

相关问题

R基础绘图问题-柱状图加误差线及T测验显著性星号，映射问题如何解决？: 487 浏览 1 关注 0 回答 1 评论

如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤: 1040 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

用scanpy做单细胞分析，如何去除周期细胞的影响: 932 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何针对affy表达谱芯片计算结果分析不同样本之间是否表达差异: 590 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因，目前已经把测序得到的数据map 到了染色体上，不知道下一步该怎么找候选基因: 743 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

bowtie2使用报错，求助啦: 999 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

如何快速将基因名称转换为基因ID(拟南芥）: 686 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

求助，运行软件时遇到perl问题: 1065 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

如何下载指定文献的原始数据？？: 752 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

求助服务器警报蜂鸣原因: 579 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问生物信息学需要对哪些方面的数学知识进行深入研究: 1191 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问关于生存分析的问题: 490 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问【求助】差异表达和特异表达: 906 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问 tophat报错 & cufflinks安装报错: 881 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

问新人求教关于测序以及免疫的问题: 617 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问网页database: 646 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

问从bed文件获取注释: 1104 浏览 2 关注 1 回答 1 评论

问不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）: 852 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 xpclr的XPCLR_score的inf值应该怎么处理: 841 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问亲问大家有没有chip-seq入门相关的教程？: 1120 浏览 5 关注 5 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024