如何查找是否存在某个已知基因？

为了查找是否存在某个已知基因，我们可以利用生物信息学的方法进行全基因组比对和基因注释。

1. 首先，我们需要使用软件将原始的二代测序数据进行质量控制和过滤，得到高质量的序列数据。
2. 然后，我们可以使用基因组比对软件（如BWA、Bowtie等）将高质量的序列数据比对到对应的水稻基因组上。
3. 比对之后，我们可以使用基因注释软件（如GATK、Samtools等）将比对结果进行注释，得到每个样本的基因组注释信息。
4. 最后，我们可以利用基因注释信息，查找是否存在目标基因。

具体步骤如下：

1. 使用FastQC等质控软件对原始二代测序数据进行质量控制和过滤，得到高质量的序列数据。
2. 使用BWA等基因组比对软件将高质量的序列数据比对到对应的水稻基因组上。
3. 使用GATK等基因注释软件将比对结果进行注释，得到每个样本的基因组注释信息。
4. 使用基因注释信息查找目标基因的位置和注释信息。
5. 比对不同样本的基因注释信息，查看目标基因在不同样本中的表达情况。

通过以上步骤，我们可以找到是否存在目标基因，并且查看目标基因在不同样本中的表达情况，为后续的研究提供基础数据。

你可以先将二代数据比对到参考基因组上，将比对到已知基因上的reads提取出来，使用二代组装软件从头组装；或者首先从头组装不同水稻材料S1 S2 S3，获得contigs，然后使用已知基因的序列去blast组装的contigs