验证数据集基因名称

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用scanpy做单细胞分析，如何去除周期细胞的影响

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pheatmap画图的数据导入问题

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数据不平衡

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二代测序得到测序数据组装完成后如何进行丰度计算

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单细胞数据整合

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奇异值分解在处理芯片数据时的意义是什么？

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不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）

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基因symbol注释GEO芯片时，如何把mRNA和lncRNA分别标注出来？

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GEO数据芯片数据基因名转换

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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