数据下载

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如何对特征数量少的空间蛋白组数据进行细胞聚类？

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尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰

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Aspera数据下载报错

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关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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GEOquery下载GEO数据软件报错

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二代转录组去除批次效应

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如何根据转录组数据得到新转录本？如何验证一个基因的多个转录本？

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chip-seq数据下载有多个SRA

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如何下载指定文献的原始数据？？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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