使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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Hichip得到loop数据如何注释？

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数据下载

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WES数据下游分析和可视化结果展示

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你好chatGPT,可以提供包含双细胞去除的单细胞分析完整流程吗？

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sc-ATAC数据质控

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来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？

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表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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GTEx项目的数据类型

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二代测序得到测序数据组装完成后如何进行丰度计算

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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