WES数据下游分析和可视化结果展示

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用atac-seq数据计算的TSS enrichment score

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pheatmap画图的数据导入问题

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基因symbol注释GEO芯片时，如何把mRNA和lncRNA分别标注出来？

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harmony处理批次效应

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为什么单端测序的数据解压会出现多个文件？

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GTEx项目的数据类型

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使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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chip-seq数据下载有多个SRA

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来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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