FPKM计算问题

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GEO数据芯片数据基因名转换

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菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？

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基因表达芯片的分类问题

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【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？

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请问UCSC上下载的参考基因组中这个文件是什么含义

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想要提取指定基因的行信息

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​单细胞RNA-seq，如何计算不同cluster之间的相关性

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bowtie2 参考基因组注释 比对

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RNA-seq reads和表达量在转座子上的分布meta图

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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