菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？

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如何根据Datamonkey中FUBAR的结果计算该基因的dn/ds值

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3D基因组里，如何分清compartment、TAD和chromatin loop

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宏基因组进行binning分析

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两次运行同一个FQ文件产生的bam文件分析结果存在差异

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RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因

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关于基因对某种疾病的影响的问题

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一般报告基因组某个碱基突变是指正链还是负链

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关于 截取某基因前后200bp片段

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有关蛋白表达定量的数据库数据打包下载(蛋白组学)

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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