GEO数据芯片数据基因名转换

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bowtie2 参考基因组注释 比对

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想要提取指定基因的行信息

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使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc

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宏基因组注释率超低

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【求助】如何确定一种基因ID的类型

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群体内同源基因的所有变异

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Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选

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如何根据转录组数据得到新转录本？如何验证一个基因的多个转录本？

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FPKM计算问题

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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