噬菌体比较基因组分析流程

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请问什么是基因组共线性分析？有什么意义？

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基因和染色体，lncRNA，mRNA之间的关系是怎样的？

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转录组组内样本差异大

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宏基因组进行binning分析

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两次运行同一个FQ文件产生的bam文件分析结果存在差异

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3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢

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使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc

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ciriRNA表达量如何计算？

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请问如何查询某基因的详细的Biological Function？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 基因表达芯片的分类问题

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