R软件里Bray-Curtis指数计算

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转录本坐标转换成基因组坐标

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想要提取指定基因的行信息

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验证数据集基因名称

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菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？

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基因本体论分析上下调基因差异

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根据基因表达做生存分析OS取出最合适的cutoff

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宏基因组注释率超低

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差异可变剪接分析工具--rMATS-结果分析

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annotatePeak peak基因组注释

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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