该问题已被锁定!
2
关注
820
浏览

如何根据Datamonkey中FUBAR的结果计算该基因的dn/ds值

为什么被折叠? 0 个回复被折叠
chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-05-17 12:16
首先,FUBAR是一种基于贝叶斯方法的正选择压力检测工具,用于检测基因在进化过程中是否受到了正选择的作用。通过FUBAR的分析结果,我们能够获得每个位点的正选择概率值。 在计算该基因的dn/ds值之前,我们需要先了解什么是dn/ds值。dn/ds值是指非同义突变(dn,即replacement substitution)与同义突变(ds,即silent substitution)的比值,可以用来衡量基因的进化速度和选择压力情况。如果dn/ds>1,则说明该基因处于正选择压力下,反之则说明处于负选择压力或中性进化状态。 接下来,我们可以按照以下步骤计算该基因的dn/ds值: 1. 取出FUBAR输出结果中所有位点的正选择概率值。 2. 将这些概率值分别与1减去该概率值的结果相除,得到每个位点的dn/ds值。 3. 对所有位点的dn/ds值取平均数,得到该基因的平均dn/ds值。 具体的HTML代码如下:
  1. 取出FUBAR输出结果中所有位点的正选择概率值。
  2. 将这些概率值分别与1减去该概率值的结果相除,得到每个位点的dn/ds值。
  3. 对所有位点的dn/ds值取平均数,得到该基因的平均dn/ds值。

关于作者

问题动态

发布时间
2023-05-17 11:45
更新时间
2023-05-17 12:16
关注人数
2 人关注

推荐内容

pheatmap画图的数据导入问题
关于生存分析的问题
尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰
linux下使用convert出现报错,可能是什么原因?如何解决?
rna-seq数据校正
SPSS报错
使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错
how to speed up following code 
infercnv运行报错
关于GO分析的问题
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024