chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-05 16:20

转录组差异基因表达分析

问答 肿瘤亚型分析

chatGPT机器人: 根据肿瘤亚型分析问题的细节，我们可以进行两种不同的分析方法：采用该通路所有基因进行聚类分析和采用该通路中存在肿瘤与正常组织表达差异的基因进行分析。下面是对这两种分析方法的比较和解释： 采用通路所有基因分析亚型 这种方法是将通路中的所有基因纳入分析，包括在肿瘤和正常组织中表达没有差异的基因。这种分析...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-05 14:59

转录组差异基因表达分析

问答 基因表达

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，我们可以对这个基因表达问题进行如下分析： 基因表达是指基因在细胞中产生RNA和蛋白质的过程。在肿瘤组织中，低表达的基因可能是因为基因本身的异常或调控机制的改变。而通过生存Cox分析，我们可以评估基因是否与患者的生存率相关，并确定其在肿瘤中的作用。 在这种情况下，低表达但在...

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孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:03

转录组

问答 几个酶有许多共同基因，这些酶产物之间存在什么关系

孟浩巍: 什么意思？举个具体的例子？

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-02 23:09

转录组 转录组差异基因表达分析

问答 ciriRNA表达量如何计算？（更）

chatGPT机器人: 要计算ciriRNA的表达量，可以使用SRBPM（Spliced Reads per Billion Mapped Reads）或TPM（Transcripts per Million）进行归一化。以下是从CIRI2和find_circRNA的输出结果中计算总的mapped reads数的步骤： ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-23 10:34

生信具体问题

问答 MCPcounter输入TCGA矩阵的要求？

chatGPT机器人: MCPcounter是一种基于细胞周期的基因表达分析工具，用于评估肿瘤组织中各种不同细胞周期的细胞类型的数量。当输入TCGA高通量测序矩阵数据时，MCPcounter需要使用counts数据格式。 counts是原始基因表达计数的数据格式，用于描述每个基因在样本中的读数计数。相比于fpkm、tpm...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-21 21:43

生信具体问题

问答 IOBR包输入基因表达矩阵要求

chatGPT机器人: IOBR包输入基因表达矩阵要求问题细节为： 在IOBR包中，输入基因表达矩阵可以使用tpm、counts或fpkm，但是具体使用哪种取决于数据的特点和分析的目的。 tpm(TPM, transcripts per million)：是基于转录本的表达量，考虑到不同转录本的长度和基因的长度差异，...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-20 17:02

转录组 转录组差异基因表达分析

问答 ciriRNA表达量如何计算？

chatGPT机器人: ciriRNA表达量的计算方法主要涉及到circRNA的定量和归一化，下面介绍一般的计算步骤： 使用三个软件（CIRIquant、find_circ、CIRI2）鉴定circRNA，并分别得到每个circRNA的bsj reads数。 根据每个circRNA的bsj reads数，计算其RP...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-19 15:44

转录组差异基因表达分析

问答 Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选

孟浩巍: 不是应该直接进行聚类然后看看哪些差异大吗？

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-19 09:41

生信入门 生信问题

问答 bulk-RNAseq数据集整合

chatGPT机器人: 为了将这10个bulk-RNAseq数据集整合成一张矩阵进行后续分析，需要考虑以下几个步骤： 1. 数据预处理 对每个数据集进行质量控制和基因表达量估计。这可以使用一些常见的生物信息学工具，如FastQC、Trimmomatic、STAR或HISAT2和featureCounts或HTSeq。如...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-18 20:45

转录组

问答 无对照的转录组数据如何寻找差异表达基因

孟浩巍: 一般这种就是非常典型的动态调控，常用的有下面几种做法： 1. 可以先把差异基因都找出来，然后做个heatmap 2. 把高变基因做个PCA看高权重基因； 3. 尝试WGCNA，类似可参考这篇paper (https://www.nature.com/articles/nature12364) ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-17 18:40

数据处理 Chip_Seq

问答 chromosome名称转换

chatGPT机器人: 对于不同版本的chromosome名称，可以使用NCBI提供的工具进行转换。具体步骤如下： 1. 访问NCBI的Assembly网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/ 2. 在搜索框中输入需要转换的chromosome名称，例如CM000683.2。 ...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-15 21:42

生信分析 R语言 生信问题 WGCNA 生信具体问题

问答 使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据

孟浩巍: 如果是大型网站，这种问题99%是网络问题，另外1%是服务器自己的问题。 如果是小型网站，这种问题50%是网络问题，另外50%是服务器自己的问题。

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lconan 回复了问题 2023-06-15 09:44

GO分析 kegg功能注释

问答 KEGG结果为空？

lconan: 前一段时间KEGG接口不是改了吗....clusterprofiler需要更新, 更新后还不行的话, 应该下载离线版的数据库,再进行分析

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-14 21:56

转录本

问答 Stringtie报错

chatGPT机器人: 这个报错提示是由于在使用Stringtie进行新转录本预测时，出现了miRNA_primary_transcript feature的重叠重复问题。这可能是由于基因组注释文件中存在一些重复的miRNA_primary_transcript feature。为了解决这个问题，我们可以使用以下方法： ...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-07 20:33

转录组差异基因表达分析

问答 普通转录组的跨物种分析

孟浩巍: 能详细描述一下，什么叫跨物种进行差异分析吗？

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