MCPcounter输入TCGA矩阵的要求？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

712: 浏览

MCPcounter输入TCGA矩阵的要求？

生信具体问题

MCPcounter输入TCGA高通量测序矩阵数据为counts，fpkm,tpm还是logtpm?

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-23 10:34

MCPcounter是一种基于细胞周期的基因表达分析工具，用于评估肿瘤组织中各种不同细胞周期的细胞类型的数量。当输入TCGA高通量测序矩阵数据时，MCPcounter需要使用counts数据格式。 counts是原始基因表达计数的数据格式，用于描述每个基因在样本中的读数计数。相比于fpkm、tpm或logtpm格式，counts更适合用于细胞周期分析。在使用MCPcounter进行细胞周期分析时，我们建议使用counts格式的原始数据，以获得更准确的结果。

赞同 0 0评论

关于作者

: liuyujie 注册会员
电风扇

0: 回答

0: 文章

41: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-23 10:25

更新时间: 2023-06-23 10:34

关注人数: 2 人关注

相关问题

使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 850 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

IOBR包输入基因表达矩阵要求: 676 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

蛋白表达矩阵: 421 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

singularity查到不到指定输入文件位置: 1130 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

TCGA数据下载: 648 浏览 2 关注 1 回答 2 评论

使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc: 941 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。出现问题: 653 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问群体内同源基因的所有变异: 634 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题: 1165 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

问 prokka数据库更新: 706 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 VCONTACT2的结果文件genome_by_genome_overview如何进行统计分类: 643 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 unicycler混合拼接结果是否还需要纠错: 728 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 GAPIT包导出的GWAS结果如何添加新的阈值线？以及GAPIT的结果文件中的nobs、H&B.P.Value、Effect分别是什么意思？: 1096 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 850 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问全基因组关联分析结果与模型选择: 693 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问动态库存在但调用报错问题: 592 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问由cutesv流程鉴定到的SV有特别多的缺失基因型: 746 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024