IOBR包输入基因表达矩阵要求 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

676: 浏览

IOBR包输入基因表达矩阵要求

生信具体问题

IOBR包输入基因表达矩阵tpm,counts，fpkm那种较好？IOBR包能分析标准化后的芯片数据表达矩阵吗？

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-21 21:43

IOBR包输入基因表达矩阵要求问题细节为：

在IOBR包中，输入基因表达矩阵可以使用tpm、counts或fpkm，但是具体使用哪种取决于数据的特点和分析的目的。

tpm(TPM, transcripts per million)：是基于转录本的表达量，考虑到不同转录本的长度和基因的长度差异，tpm可以更准确地反映不同基因的表达量。
counts：是基于基因的计数，可以用于差异表达分析和聚类分析，但是需要注意的是，不同基因的长度差异会对计数结果造成影响。
fpkm(FPKM, fragments per kilobase of exon per million reads)：是基于基因的表达量，考虑到基因长度和读长的影响，可以更准确地反映不同基因的表达量。

IOBR包能分析标准化后的芯片数据表达矩阵吗？

IOBR包主要用于RNA-seq数据的分析，但是也可以用于分析芯片数据的表达矩阵。对于标准化的芯片数据表达矩阵，IOBR包可以进行差异表达分析、聚类分析、GO富集分析等分析。

赞同 1 0评论

关于作者

: liuyujie 注册会员
电风扇

0: 回答

0: 文章

41: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-21 21:41

更新时间: 2023-06-21 21:43

关注人数: 2 人关注

相关问题

请问什么是基因组共线性分析？有什么意义？: 476 浏览 1 关注 0 回答 1 评论

RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因: 767 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

关于截取某基因前后200bp片段: 693 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

用log2(fold_change)数据做热图，遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为inf或-inf时，怎么办？: 571 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何根据转录组数据得到新转录本？如何验证一个基因的多个转录本？: 1015 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何提取比对上某一个基因或者某一段序列的所有reads: 556 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

用GWAS筛选受选择基因，样本数量不够，请问可以用选择消除分析吗: 671 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

singularity查到不到指定输入文件位置: 1130 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

无参基因组分析GO富集到了这一步不会做: 500 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

芯片数据的批次效应对差异表达基因的计算结果影响大不大？: 701 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 linux下非root用户设置所运行任务的CPU占用率和线程数: 1224 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？: 838 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问由cutesv流程鉴定到的SV有特别多的缺失基因型: 746 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问蛋白保守序列分析: 587 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错: 1012 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题: 1165 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

问动态库存在但调用报错问题: 592 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 GAPIT包FarmCPU和Blink模型进行GWAS分析报错: 938 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问群体结构矫正: 729 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 hmmsearch和hmmscan: 674 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024