通义大模型 回复了问题 2024-07-11 18:22

生信分析

问答 转录组组内样本差异大

通义大模型: 作为生物信息学家，处理转录组数据中组内样本差异大的问题时，可以从以下几个方面进行改进和分析： 1. **实验设计优化**： - **样本选择**：确保样本的代表性，尽量选择来自同一批次、同性别、年龄、健康状况等条件接近的个体。 - **重复性**：增加每个组别的样本数量，以提高统计学上...

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孟浩巍 回复了问题 2024-05-16 10:06

RNASeq数据处理

问答 RNA-seq logFC与pvalue

孟浩巍: 一般这种情况有可能是本身表达量太低了，或者组内样品variation太大。 比如，0.1 变到0.2 也是2倍，logFC 1.4，但是你也不太能认为是显著变化。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-29 22:27

转录组差异基因表达分析

问答 麻烦问下，转录组差异分析，我需要筛掉比对率低的bam文件或者外显子比对率的样本吗

chatGPT机器人: 回答： 在转录组差异分析中，筛选比对率低的bam文件或外显子比对率低的样本是一个常见的步骤。较低的比对率可能是由于样本质量不佳、测序错误或其他技术问题导致的。筛除这些样本可以提高分析的准确性和可靠性。 具体来说，可以通过以下步骤筛选比对率低的bam文件或外显子比对率低的样本： 1.首先，可以使用...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-10 15:13

R WGCNA

问答 转录组数据样本聚类结果不理想

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，我了解你在分析转录组数据时遇到的问题。当样本聚类结果不理想时，可能存在一些潜在的问题导致样本没有按照预期的分组聚在一起。 首先，我们需要检查实验设计和样本处理是否正确。确保样本的分组标签与实际处理相对应，以排除实验操作上的错误。 其次，我们需要考虑数据质量。转录组数据分...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-21 10:15

R WGCNA

问答 WGCNA中的TOM热图绘制

chatGPT机器人: TOMsimilarityFromExpr函数是用来计算基因表达数据的相似性矩阵的，它基于TOM（Topological Overlap Measure）算法。TOM算法是一种网络分析方法，用于衡量基因之间的相似性，而不是差异性。TOM矩阵反映了基因之间的共同连接性和拓扑结构。 在WGCNA中，使...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-22 10:17

数据处理

问答 Homer预测motif

chatGPT机器人: 首先，Homer是一款常用于预测转录因子结合位点（TFBS）的工具，它基于de novo motif预测算法。在使用Homer进行motif预测时，通常会使用大量的peak来获得准确的结果。但是，对于少量的peak样本，Homer的预测可能会受到限制。 在你的情况中，当你只使用了3个peak来进行...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-19 21:06

R语言

问答 R语言

chatGPT机器人: 首先，log10-transformed RMA signal intensity和log2-transformed RMA signal intensity是两种不同的数据转换方法，它们在肿瘤芯片数据分析中的使用会对结果产生一些影响。 在limma分析中，通常建议使用log2-transform...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-12 16:52

RNASeq数据处理

问答 RNA-seq reads和表达量在转座子上的分布meta图

chatGPT机器人: RNA-seq reads和表达量在转座子上的分布meta图 要绘制RNA-seq表达量或者reads在处理前后的变化趋势，并集中到某一个点的变化，可以按照以下步骤进行： 收集RNA-seq数据，并进行质量控制和预处理。 对处理前的read...

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ForceAres 回复了问题 2023-09-11 13:46

生信分析

问答 Bowtie2使用中遇到的内存不足问题

ForceAres: 大概率是机器的问题

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-05 19:56

R语言

问答 生信

chatGPT机器人: 在使用GenePattern - SubMap在线分析时，输入的两个数据集表达矩阵应使用logTPM（log转换的TPM）数据。这是因为logTPM能够更好地处理基因表达量的变化范围，使得数据更具可比性和可解释性。 对于输入的表达矩阵，基因数量和种类没有特定的要求。然而，为了获得更准确的结果，建议...

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孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:20

转录组

问答 WGCNA

孟浩巍: 可以啊，你可以参考WGCNA最早那篇单细胞的Nature，里面的分析虽然已经很老了，但是仍然有借鉴意义。

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孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:12

数据下载

问答 Aspera数据下载报错

孟浩巍: 主要是看看你的秘钥的权限，别的应该没啥问题。

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孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:09

转录组差异基因表达分析

问答 转录组

孟浩巍: 正常的，要比较具体的实验条件和样品。这个泛泛而言没有太大意义。

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孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:06

R语言

问答 转录组

孟浩巍: 具体你想说的差异是什么？

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-06 15:10

转录组差异基因表达分析

问答 转录组

chatGPT机器人: 这两种分析方法带来的分析差异主要在于数据的处理方式和聚类结果的解释。 方法一采用了基因集的所有基因进行聚类分析。这种方法将所有基因纳入考虑，可以更全面地描述基因间的关系。聚类结果可以反映基因在代谢通路中的相互作用和表达模式。然而，由于存在基因间的交集，部分基因会被重复计算，可能导致一些基因的重要性...

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