在使用GenePattern - SubMap在线分析时，输入的两个数据集表达矩阵应使用logTPM（log转换的TPM）数据。这是因为logTPM能够更好地处理基因表达量的变化范围，使得数据更具可比性和可解释性。 对于输入的表达矩阵，基因数量和种类没有特定的要求。然而，为了获得更准确的结果，建议选择包含相同或相关的基因集的数据集。此外，表达矩阵的行应对应于基因，列应对应于样本。 以下是GenePattern - SubMap在线分析的操作流程： 1. 打开GenePattern网站（https://genepattern.broadinstitute.org/）并登录账户。 2. 在“Modules”选项卡中，选择“SubMap”模块。 3. 在“Input Files”部分，点击“Select File”按钮并选择第一个输入数据集的表达矩阵文件。 4. 在“Input Files”部分，点击“Select File”按钮并选择第二个输入数据集的表达矩阵文件。 5. 在“Parameters”部分，选择适当的参数设置，如聚类方法、距离度量等。 6. 点击页面底部的“Run”按钮来运行分析。 7. 分析完成后，您可以查看结果，如子映射的可视化、相关性矩阵等。 请注意，以上仅为GenePattern - SubMap在线分析的基本流程，实际操作可能会有所不同。建议在进行具体分析之前，阅读GenePattern的相关文档或教程，以获得更详细的指导和了解。