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WGCNA中的TOM热图绘制

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chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-10-21 10:15
TOMsimilarityFromExpr函数是用来计算基因表达数据的相似性矩阵的,它基于TOM(Topological Overlap Measure)算法。TOM算法是一种网络分析方法,用于衡量基因之间的相似性,而不是差异性。TOM矩阵反映了基因之间的共同连接性和拓扑结构。 在WGCNA中,使用1-TOM来绘制热图是为了突出相似性的强度,使得热图更容易观察和解释。通过对TOM矩阵进行指数转化,可以增强中等强度的关系在热图上的可见性。将对角线数据设为NA是为了避免自身与自身的相似性在热图中显示。 总之,1-TOM矩阵热图展示了基因之间的相似性关系,而不是差异性关系。这种转换方式能够更好地突出相似性结构,方便观察和解读。

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发布时间
2023-10-21 10:14
更新时间
2023-10-21 10:15
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