GEOquery下载GEO数据软件报错 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

4: 关注

2967: 浏览

GEOquery下载GEO数据软件报错

小弟我R刚入门，正在学习使用R软件GEOquery包下载数据，使用getGEO后弹出以下错误提示： Error in get0(oNam, envir = ns) : cannot open file 'C:/Users/Kumawife/Documents/R/win-library/3.5/stringi/R/stringi.rdb': No such file or directory In addition: Warning message: In get0(oNam, envir = ns) : restarting interrupted promise evaluation 虽然报错，但是仍然在目的地文件夹里面找到了一个压缩文件：GSE36552_series_matrix.txt.gz 求各位帮忙看看怎么解决~~ 谢谢大家！

好问题 0 评论收藏举报

3 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-23 20:53

windows下这个包总是出各种各样的问题，建议使用Linux环境运行。同时，[size=14]GSE36552_series_matrix.txt.gz这个文件本身就可以读到R里面，只不过不如能生成标准的Experiment Set类型。我觉得不影响你的下游分析。[/size]

赞同 1 2评论

fcdslz 超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-23 20:36

你竟然能下载到文件。。。我这边直接报了一个SSL链接错误，我排了1周了都解决不了。。。

赞同 0 1评论

minipeach 前台管理员用户来自于: 重庆市北碚区
2018-08-23 21:58

我觉得你可以尝试先设置一下工作目录，看能不能解决。

赞同 0 1评论

关于作者

: Madmax 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-23 18:57

更新时间: 2018-08-23 21:58

关注人数: 4 人关注

相关问题

HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果: 3102 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

细菌的参考基因组下载: 1905 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何使用seqtk按照比例随机提取单细胞数据？: 2546 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

Hichip得到loop数据如何注释？: 2072 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何下载指定文献的原始数据？？: 1699 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选: 2478 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

log2后的数据进行Wilcoxon秩和检验对结果存在什么影响？: 2291 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

公司双端测序的数据R1R2处理: 2529 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

求重测序不同群体示例数据: 1047 浏览 1 关注 0 回答 1 评论

celseq2转换单细胞原始数据: 2169 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）: 2048 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问老孟你今答题效率逆天啊，连续几个都是你在答～: 2438 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？: 1790 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问转录组数据样本聚类结果不理想: 2175 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于hub基因的问题: 1126 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

问生信问题（我也不知道该怎么问）: 2267 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？: 2194 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

问尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰: 1543 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025