如何计算碱基偏好性？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

3: 关注

1423: 浏览

如何计算碱基偏好性？

我有很多段不同长度的序列，除保守区域外，某些部位会发生碱基替换，我想统计各个位置的碱基偏好性，与他们的差异表达倍数做相关性分析，不知该怎么做？

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

woson 初级会员用户来自于: 广东省广州市
2018-08-26 22:27

你的很多长度不同的序列是指不同长度的不同基因的序列还是同一个基因的不同长度的序列？你这里说的碱基偏好性应该是指codon usage bias，即密码子的偏好性吧？如果你是计算密码子的偏好性的，有RSCU（relative synonymous codon usage）和CAI（codon bias index）两种方法。我的理解是你要做同一个基因不同的同义突变序列之间的差异表达倍数与密码子偏好性之间的相关性分析~~~

赞同 1 0评论

关于作者

: 小王子 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

4: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-24 20:21

更新时间: 2018-08-26 22:27

关注人数: 3 人关注

相关问题

如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？: 1725 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

二代测序中计算有多少个count数才有研究意义?: 1596 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

在仅有每个样本(有3个repeat)所有转录本的fpkm的情况下，如何利用cuffdiff进行差异基因分析。: 2172 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

如何在西宁附近旅游三天: 1221 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

ubuntu 14.04 server版安装软件 biocLite("highthroughputassays")，出现如下报错如何解决呢？: 1337 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？: 1225 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作?: 2149 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？: 1300 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

riboseq中frame指的是什么，是如何确定的，通过riboseq如何知道一个基因的开放阅读框: 1542 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何快速将基因名称转换为基因ID(拟南芥）: 1564 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 lasso回归交叉验证: 1602 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问时间依赖的 roc 原理 time-dependent receiver operating characteristic (ROC): 1284 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问统计学，如何从入门到放弃？: 1429 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

问 Min-Max标准化: 1527 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 lassohuigui: 1287 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 knn临近算法填补缺失值: 1369 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 log2后的数据进行Wilcoxon秩和检验对结果存在什么影响？: 1801 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025