表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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基因symbol注释GEO芯片时，如何把mRNA和lncRNA分别标注出来？

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riboseq中frame指的是什么，是如何确定的，通过riboseq如何知道一个基因的开放阅读框

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Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选

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如何提取比对上某一个基因或者某一段序列的所有reads

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如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？

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请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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细菌基因组分析

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在仅有每个样本(有3个repeat)所有转录本的fpkm的情况下，如何利用cuffdiff进行差异基因分析。

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annotatePeak peak基因组注释

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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