奇异值分解在处理芯片数据时的意义是什么？

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根据GFF和fasta等文件提取某一基因的ATG位点信息，比如具体的位置？

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一般报告基因组某个碱基突变是指正链还是负链

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绵羊转录组测序后差异表达基因太多了

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log2(fold_change)可以用来做热图吗？遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为0时，怎么办？

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噬菌体比较基因组分析流程

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GEO数据芯片数据基因名转换

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蛋白表达矩阵

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WGCNA筛选到感兴趣的模块后，如何找这个模块的hub基因呢？

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如何提取比对上某一个基因或者某一段序列的所有reads

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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