该问题已被锁定!
2
关注
2784
浏览

如何快速将基因名称转换为基因ID(拟南芥)

为什么被折叠? 0 个回复被折叠
孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2018-08-30 20:25
可以参考我的代码,使用org里面拟南芥的数据库   [code]############################################# # 第1次运行请安装下列R包 ############################################# source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("org.At.tair.db") ########################################## # 成功安装以后,可以运行下列内容 ########################################## # load R package require(org.At.tair.db) # for example list accession_list = your input gene id !!! # 查看提供哪些id进行转换 keytypes(org.At.tair.db) # keytype是你输入的id类型,column是你要转成的id类型 # accession to ENRIZID gene_id = mapIds(org.At.tair.db,keys=accession_list,column="ENTREZID",keytype="REFSEQ",multiVals="first") # accession to gene_name gene_name = mapIds(org.At.tair.db,keys=accession_list,column="SYMBOL",keytype="REFSEQ",multiVals="first")[/code]

关于作者

问题动态

发布时间
2018-08-30 18:26
更新时间
2018-08-30 20:25
关注人数
2 人关注

相关问题

基因组组装
请问无参转录组的GO分析如何进行
根据基因表达做生存分析OS取出最合适的cutoff
请问什么是基因组共线性分析?有什么意义?
你好ChatGPT,我身高1.75m,体重50kg,应该如何减肥
bowtie2 参考基因组注释 比对
细菌基因组分析
x <- x[keep.exprs,, keep.lib.sizes=FALSE] 请问一下这条命令该如何解读呢?
annotatePeak peak基因组注释
使用seurat包,导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc

推荐内容

linux系统中使用fastqc报错
R进行GO时出现No gene can be mapped....
使用cutadapt去掉adaptor后,fastqc结果的sequence distribution报错
bowtie2使用报错,求助啦
利用GATK的HaplotypeCaller生成GVCF一直报错怎么回事
如何处理fastqc报告中duplication level报错的问题
分析CRISPR 高通量筛选数据
用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图
科研/读博
画heatmap出现错误提示
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026