芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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请问什么是基因组共线性分析？有什么意义？

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x <- x[keep.exprs,, keep.lib.sizes=FALSE] 请问一下这条命令该如何解读呢？

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用GWAS筛选受选择基因，样本数量不够，请问可以用选择消除分析吗

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请问如何查询某基因的详细的Biological Function？

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在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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blastp后，我想提取score的序列，请问使用python应该怎么写这个脚本

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ChIP-Seq deeptools热图信号比较为啥一般不做统计检验比较？

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使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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