SRR1924430的sra数据与hdf5提取的fastq不一致

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GWAS 数据存储网站

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数据下载

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分析CRISPR 高通量筛选数据

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请问RNA-seq采用poly A(+)策略建库，处理数据时若不去除rRNA会对后续分析有何影响？

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harmony处理批次效应

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DiffBind 标准化数据

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chip-seq数据下载有多个SRA

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样本批次问题

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用wget 在服务器上用wget下载ENcode里的chip-seq测序原始数据，提示可以connected,但一直no data received ?

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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