单细胞seurat对象的基因过滤

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【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？

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为什么差异基因分析会出现被KO的基因log2FC的数值大于1的情况

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RNA-seq，样本中存在同一基因对应不同的FPKM值

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怎么准确提取某一基因的ATG起始密码子位点

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annotatePeak peak基因组注释

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噬菌体比较基因组分析流程

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基因组文件中chrUn具体是什么意思呢

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根据GFF和fasta等文件提取某一基因的ATG位点信息，比如具体的位置？

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奇异值分解在处理芯片数据时的意义是什么？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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