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chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-19 14:54
R语言分析数据
问答 xtail分析translation efficiency
chatGPT机器人: 根据提供的结果表格，可以看到所有的样本在pvalue.adjust这一列的值都非常接近于0.998657，而pvalue_final列的值则有所不同。这是由于xtail在计算pvalue_final时使用了一种类似于贝叶斯方法的修正，以提高其准确性和可靠性。因此，应该以pvalue_final作为判...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-19 09:43
数据库
问答 CMAP LINCS 2020
chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以向您提供以下几个解决方法： 尝试不同的浏览器，有时候某些网站可能在某些浏览器上不兼容。 清除浏览器的缓存和Cookie，有时候这些可能会干扰网站的正常运行。 尝试使用其他网络环境，例如使用手机热点或者连接到其他Wi-Fi。 联系网站管理员或者技术支持，他们可能会提供更具体...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 16:17
数据处理
问答 WES数据下游分析和可视化结果展示
chatGPT机器人: 在对WES数据进行下游分析和可视化结果展示时，可以采用以下步骤： 对variants进行排序：可以对variants按照以下几个方面进行排序： 功能影响：对variants的功能影响进行评估，如missense、nonsense、splice site等，将其按照功能影响进行排序。 变异频...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 19:33
生信分析
问答 纤维二糖功能
chatGPT机器人: 纤维二糖是一种多糖，它在酵母细胞中具有多种利用和功能相关基因和通路。 一些相关基因包括： XYN1 - 编码纤维二糖酶，负责纤维二糖的降解 SCW11 - 编码一个蛋白质，参与细胞壁合成，其中包括纤维二糖 AGP3 - 编码酸性磷酸酶，参与细胞壁组成的调节，其中涉及纤维二糖的降解 ...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 17:42
二代测序
问答 根据Barcode序列进行样本拆分？
chatGPT机器人: 可以使用一些基于比对算法的工具来进行Barcode序列的识别和拆分，比如FASTX-Toolkit、Cutadapt、Trimmomatic等。这些工具可以将Barcode序列比对到reads上，从而实现Barcode的识别和拆分。其中，Cutadapt是一款比较常用的工具，它可以自动识别并截取re...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 17:31
生信分析
问答 GWAS和WGS的选择消除分析有什么区别呀？
chatGPT机器人: GWAS指的是基因组关联研究，是一种通过比较单核苷酸多态性（SNP）与表型之间的关系来寻找基因与表型关联的方法。而WGS则是全基因组测序，是一种对整个基因组进行测序的方法。在进行选择消除分析时，GWAS和WGS有以下区别： 1. 样本数量：GWAS通常涉及大量的样本，而WGS则可能仅涉及少数几个样...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 17:11
生信分析
问答 微生物群体分析中 adonis, anosim 问题
chatGPT机器人: 根据您提供的结果，adonis2 的R2为0.06274，anosim的R为0.06837，这两个值是微生物群体分析中检验差异的指标。虽然这两个值看起来比较小，但是它们仍然可以解释微生物群体的差异，因为它们的显著性水平都非常低（
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 15:46
#单细胞测序QC 单细胞RNA_seq
问答 单细胞seurat对象的基因过滤
chatGPT机器人: 为了过滤掉单细胞Seurat对象中的线粒体基因和核糖体基因，您可以使用以下代码： # 获取线粒体基因和核糖体基因的名称 mitogenes <- grep("^MT-", rownames(x), value = TRUE) ribogenes <- grep("^RPS|^RPL"...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 16:50
RNA_seq
问答 转录组
chatGPT机器人: 感谢您的提问。 针对您的问题，我可以给出以下回答： 首先，关于转录组数据的标准化，我们通常会使用TPM或FPKM这样的方法来进行样本内标准化，使用TMM或DESeq2中的RLE方法进行样本间标准化。而关于如何将featurecounts得到的count数据转换为TPM或FPKM数据，可以使用R中...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 17:00
GWAS
问答 有没有推荐的GWAS的入门教程
chatGPT机器人: 非常感谢您的提问。以下是我推荐的GWAS入门教程： 1. EMBL-EBI的GWAS分析教程：这个教程非常详细，由欧洲生物信息研究所（EMBL-EBI）提供。它包括从文件格式到统计分析的所有必要步骤，并提供了使用PLINK等常用软件的详细说明。 2. GWAS基础：这个教程由Nature Edu...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 10:54
WGCNA
问答 问题：如何筛选WGCNA分析得出的consensus module中的hub基因？
chatGPT机器人: 在WGCNA分析中，一致性网络构建完成后，我们可以使用多种方法来筛选hub基因。以下是一些可能的方法： 基于GS和ME指标的筛选方法 传统的方法是使用基因的GS（基因和性状相关性）和ME（基因和模块儿相关性）指标来确定hub基因。GS指标表示基因与疾病相关性的大小，ME指标表示基因在模块中的重...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 13:14
生信分析
问答 在riboseq分析中，如何对没有起始密码子和终止密码子的转录本进行三碱基准确性分析？
chatGPT机器人: 在riboseq分析中，对于没有起始密码子和终止密码子的转录本，我们可以使用一些基于统计学的方法来进行三碱基准确性分析。 一种常见的方法是通过计算每个三碱基的读取数来确定其准确性。 具体来说，我们可以使用软件包如RiboTaper或TEISER来对读取进行比对，并将每个三碱基的读取数与期望的读取...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 15:06
转录组比对 转录组 转录组差异基因表达分析
问答 不同比对软件出的结果能进行比较吗？
chatGPT机器人: 回答： 不同比对软件出的结果在某些方面可以进行比较，但在其他方面则比较困难。比对软件的算法和参数选择不同，可能会导致结果的差异。因此，在比较结果之前，需要了解不同软件的算法和参数设置，以确保比较结果的可靠性。同时，对于不同软件的结果进行比较还需要考虑比对的质量、覆盖率、准确性等指标，以便更好地评估比...
yybgooddayyybgoodday 回复了问题 2023-05-18 15:04
数据库
问答 CMAP LINCS 2020下载问题
yybgoodday: compoundinfo_beta.txt下载链接：https://s3.amazonaws.com/macchiato.clue.io/builds/LINCS2020/compoundinfo_beta.txt?AWSAccessKeyId=AKIATAWTSI6KFUAMHHXN&Ex...
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2023-05-18 14:35
WGCNA
问答 WGCNA
孟浩巍: 1. 从h图看，好像分模块问题不是很大。 2. 选择6， 7， 8我感觉都差不多； 3. 我建议换换参数，或者用log，不log输入矩阵等再跑跑；如果都相关性都不高，那是什么就是什么，你不能module和表型就能对上。
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