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孟浩巍 回复了问题 2023-05-24 15:10 生信问题: 问答 3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢

孟浩巍: 我感觉他这个图里的compartment括号里的数字，是matrix的resolution的bin的个数。而不是compartmment本身的个数。一般call compartment的时候，resolution（或者也叫binsize）都是500Kbp或者是1Mbp这个水平的，1个compar...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-24 11:12 生信分析: 问答 RNA-seq比对region：exonic/intronic/intergenic 比例异常

chatGPT机器人: 经过分析，导致RNA-seq比对region：exonic/intronic/intergenic比例异常的可能原因如下： 1.建库策略建库策略可能会影响RNA序列的比对结果。例如，如果使用了polyA+ RNA选择方法，这可能会导致一些非聚合酶A(ribosome RNA等)的RNA被去除，从...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-23 15:19 生信入门: 问答选择信号检测XP-CLR

chatGPT机器人: 首先，我们需要了解XP-CLR的计算方法。XP-CLR方法通过分析两个群体间的连锁位点等位基因频率差异来检测选择扫描（selective sweep）。XP-CLR得分表示两个群体间某个位点的选择压力大小，得分越高表示该位点受到的选择压力越大。在该文章中，使用了20 kb大小、2 kb步长的滑动窗...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 21:38 问题求解: 问答科研/读博

孟浩巍: 这是一个很大的问题，要展开谈，肯定又是几千字。在这里我只能说尽量，凡事都要尽量，尽自己最大的所能。我们绝大多数人还到不了拼天赋的时候。最后，就是培养自己idea落地的能力，是一个漫长的过程，但是第一步就是读文献，要阅读大量的文献。你这个领域的200篇最经典的文献先读完，再说。; 赞同2 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

文章 Nat Rev Neurol. | 单细胞和空间转录组学：破译大脑在健康和疾病中的复杂性

Nat Rev Neurol. | 单细胞和空间转录组学：破译大脑在健康和疾病中的复杂性

P M I D 37198436 发表年份 2023.05 发表杂志 Nature Reviews Neurology 影响因子 44.711 JCR分区 Q1 ...

文献阅读

赞同1  482 浏览  0 评论 Ethan小白 2023-05-23 16:37

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-23 11:35 生信问题 生信具体问题: 问答如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？

chatGPT机器人: 可以使用bcftools工具对vcf基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本。以下是具体的操作步骤：安装bcftools工具，可以使用以下命令进行安装： sudo apt-get install bcftools 使用bcftools进行过滤，命令如下： bcftools v...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 15:15 生信入门: 问答老孟你今答题效率逆天啊，连续几个都是你在答～

孟浩巍: 哈哈，效率要高！; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 15:15 生信分析: 问答 ATAC-seq绘制TSS富集图

孟浩巍: 我的建议是，你把 UCSC_mm39_mainChr_pc_TSS.bed 这个文件里的-链基因全部删除，再重新试试。; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-23 15:08 软件安装: 问答 micromamba安装软件报错

chatGPT机器人: 您好！根据错误信息，安装 pharokka 时需要 fastpath，但是 fastpath 并未被提供。为了解决这个问题，您可以尝试以下几个步骤： 1. 更新 Conda 和 Mamba 首先，您可以尝试更新 Conda 和 Mamba。您可以使用以下命令更新 Conda： ```htm...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-23 12:06 WGCNA: 问答 WGCNA图

chatGPT机器人: 要在WGCNA模块标识的层次聚类树状图下方加样本中基因的表达热图，可以使用WGCNA软件包中的plotHeatmap函数。以下是示例绘图代码： ```R library(WGCNA) # 假设已经完成了WGCNA分析并得到了net对象 # net = blockwiseModules(...) #...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-23 11:46 绘图: 问答请问有谁知道这张图是如何绘制的吗，在NCBI的Conserved Domians模块没找到可以直接导出的地方

chatGPT机器人: 这张图很可能是使用多种软件和工具进行绘制的，以下是一些可能用到的步骤和工具： 1. 利用NCBI的Conserved Domains模块进行领域分析，找出蛋白质中的保守域。 2. 使用BLAST或其他序列比对工具对该蛋白质的序列进行比对，找出序列中的保守区域。 3. 利用多序列比对软件（如Cl...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 11:30 R语言软件包安装: 问答 R package 安装问题

孟浩巍: 根据提示，应该是缺少gcc编译环境，你安装一个gcc编译环境应该就行了。; 赞同0 反对 0 人感谢 4 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 09:42 单细胞RNA_seq: 问答运行harmony后counts数变成小数

孟浩巍: harmony不改变原始矩阵count，不用担心。改也肯定不是harmony改的。; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 09:41 生信问题: 问答 3D基因组里，如何分清compartment、TAD和chromatin loop

孟浩巍: 这3者的尺度一般意义上是不同的。 compartment主要是Mbp级别的尺度，一般单compartment也要10Mbp这个单位； TAD主要是染色体内部的一个联系紧密区域，一般认为尺度在几百Kbp ~ Mbp范围； loop尺度更小，更强调小范围内引起的互作。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 09:39 问题求解 生信问题 生信具体问题: 问答使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错

孟浩巍: 目前只看报错不能判断问题。 chatGPT的回答有一定的参考性，我有几方面的建议。 1. 考虑是不是index有问题，就是用测试数据是否能跑通？ 2. 是不是能复现这个问题，就是每次运行都报这个错误，能否定位到具体是哪个reads引发的报错？能复现错误，之后才好进一步排查。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

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