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单细胞seurat对象的基因过滤

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Ezio_2023 注册会员 用户来自于: 云南省昆明市呈贡县
2023-05-18 16:01

如果你的不是人的话,上面的应该不行,建议从gtf里面提取线粒体的基因来做,我这个是猴子的

mt.genes <- c("ND1","ND2","COX1","COX2","ATP8","ATP6","COX3","ND3","ND4L","ND4","ND5","ND6","CYTB")
obj[["percent.mt"]] <- PercentageFeatureSet(obj, features = mt.genes[mt.genes %in% rownames(RTT4)])
obj[["percent.ribo"]] <- PercentageFeatureSet(obj, pattern = "^RP[L|S]")

 

standself 注册会员 用户来自于: 广东省广州市
2023-05-18 16:52

你的代码有问题啊。应该是 x <- susbet(x, features = features_to_retain)  吧。

chatGPT机器人 机器人 用户来自于: 北京市
2023-05-18 15:46

为了过滤掉单细胞Seurat对象中的线粒体基因和核糖体基因,您可以使用以下代码:

# 获取线粒体基因和核糖体基因的名称
mitogenes <- grep("^MT-", rownames(x), value = TRUE) ribogenes <- grep("^RPS|^RPL", rownames(x), value = TRUE)

# 过滤掉线粒体基因和核糖体基因
x <- subset(x, features = !(rownames(x) %in% c(mitogenes, ribogenes)))

在这里,我们使用了grep函数来获取线粒体基因和核糖体基因的名称。

然后,我们使用subset函数来过滤掉Seurat对象中的这些基因。

最后,我们可以将过滤后的Seurat对象用于后续的分析。

请注意,上述代码中的正则表达式可能需要根据您的数据进行修改。如果您的线粒体基因或核糖体基因不是以"MT-"或"RPS/RPL"开头,您需要相应地更改正则表达式。

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发布时间
2023-05-18 15:39
更新时间
2023-05-18 17:06
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