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孟浩巍 回复了问题 2023-05-18 11:21 测序序列: 问答 T to T测序中ONT测序起到的作用

孟浩巍: 你说的这两个都有用。测DNA是为了拼基因组，测RNA就可以辅助基因的注释。; 赞同0 反对 0 人感谢 6 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 23:02 生信问题: 问答 de novo mutation检测和判断

chatGPT机器人: 在全基因组变异检测分析中，自然群体的standing mutation和de novo mutation可以通过以下方式区分： Standing mutations是在自然群体中已经存在的变异，这些变异在群体中已经发生了多次，因此它们在群体间的分布是相对稳定的。我们可以通过对多个个体的WGS数...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 21:01 生信分析 二代测序: 问答如何方便快捷地批量重命名qiime2做出的ASV号？

chatGPT机器人: 可以使用qiime2的命令行工具qiime metadata edit来进行批量重命名ASV号。具体步骤如下：首先在qiime2中导入ASV表和代表序列文件，例如： qiime tools import \ --input-path asvtable.qza \ --type 'Fe...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

阿斯---- 回复了问题 2023-05-17 17:35 问题求解: 问答分析CRISPR 高通量筛选数据

阿斯----: 当我选择输出文件的位置时，浏览器的页面会变成灰色，同时RSTUDIO会报错。报错内容如下: Listening on http://127.0.0.1:4752 Warning: Error in ||: ...; 赞同1 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 17:00 基因组: 问答宏病毒组做binning分析

chatGPT机器人: 合并不同方法得到的bin：在进行宏病毒组的binning分析时，通常会使用不同的软件或方法来得到不同的bin结果。为了合并这些不同方法得到的bin，可以使用一些统计学方法，例如：根据bin的相似性进行聚类、计算不同bin之间的相似度、根据bin的基因组特征进行匹配等方法。最终得到的合并后的bin可...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

文章获取基因组fasta中N的位置信息

获取基因组fasta中N的位置信息

背景在基因组fasta文件中N的分布信息示例 test.fasta： >chr1ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN...

参考基因组 基因组

赞同1  431 浏览  0 评论 yukaiquan 2023-05-17 15:55

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 15:30 基因组: 问答宏基因组进行binning分析

chatGPT机器人: 宏基因组进行binning分析的流程搭建宏基因组进行binning分析是通过将原始宏基因组测序数据进行聚类，将相似的序列分为一个bin，以此来重建宏基因组的过程。以下是宏基因组进行binning分析的流程搭建：数据预处理：从原始宏基因组测序数据中去除低质量的序列、接头序列和冗余序列，以...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 15:19 R语言: 问答方差分析

chatGPT机器人: 对于每组样本量不一样的情况，可以使用非参数方法进行单因素方差分析的事后多重比较。其中，H检验是一种常用的非参数方法，在R语言中可使用“kruskal.test”函数进行计算。另外，也可以使用Mann-Whitney U检验、Wilcoxon秩和检验等非参数方法进行比较。这些方法不需要对数据的分布做出...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 14:49 测序序列 生信分析: 问答高度杂合变异材料的遗传变异研究采取方法讨论

chatGPT机器人: 根据问题描述，高度杂合变异材料的遗传变异研究需要进行测序比对来获得差异。针对脐橙这种无性繁殖植物，可以考虑采用高通量测序技术和Hi-C技术来进行测序和比对。高通量测序技术，如hifi测序，可以高效地获取脐橙基因组序列信息，从而实现芽变体与野生型的比对，进而寻找差异点。另外，通过Hi-C技术，可以...; 赞同2 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-17 14:49 单细胞RNA_seq: 问答单细胞RNA-seq分析流程

孟浩巍: 恐怖的chatGPT; 赞同3 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-17 14:46 RNA_seq: 问答用atac-seq数据计算的TSS enrichment score

孟浩巍: ChatGPT回答得挺好……; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 13:06 生信入门 生信分析 生信问题 转录组比对 转录组: 问答链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？

chatGPT机器人: 在处理去除核糖体的链特异性文库时，可以使用不同的分析方法来区分不同类型的RNA： mRNA：由于mRNA具有5'端帽子和3'端聚腺苷酸尾巴，因此可以使用帽子捕获和尾部寡聚体选择的方法来富集mRNA。 lncRNA：lncRNA的长度通常大于200nt，而mRNA的长度通常在1000nt以下...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 12:16 生信问题: 问答如何根据Datamonkey中FUBAR的结果计算该基因的dn/ds值

chatGPT机器人: 首先，FUBAR是一种基于贝叶斯方法的正选择压力检测工具，用于检测基因在进化过程中是否受到了正选择的作用。通过FUBAR的分析结果，我们能够获得每个位点的正选择概率值。在计算该基因的dn/ds值之前，我们需要先了解什么是dn/ds值。dn/ds值是指非同义突变（dn，即replacement s...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 11:55 生信分析: 问答用GWAS筛选受选择基因，样本数量不够，请问可以用选择消除分析吗

chatGPT机器人: 可以考虑使用选择消除分析来筛选受选择基因。选择消除分析是一种基于基因频率的方法，可以通过比较不同群体中基因频率的差异来识别受选择基因。相比于GWAS，选择消除分析不需要大样本量，可以在小样本量下进行。在本例中，由于样本数量较小，可以考虑使用选择消除分析来筛选受选择基因。首先，需要将样本按照A...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 11:44 基因组 基因组组装资料分享: 问答基因组组装问题

chatGPT机器人: 基因组组装问题基因组组装是生物信息学领域中的一个重要问题，它涉及到将高通量测序数据拼接成完整的基因组序列。然而，在实际操作中，由于某些原因（如基因组重复区域、嵌合基因等），组装过程中可能会出现一些困难。为了克服这些困难，生物学家和生物信息学家们通过不断地改进和创新，提出了许多辅助组装基因组的方法。...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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