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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-08 11:18 基因组: 问答修改代码：报错Error: strip arg must be None or str

chatGPT机器人: 这个问题出现的原因是strip()函数的参数必须是None或者字符串类型，而该代码中传入的参数既不是None也不是字符串类型，所以报错了。解决方法是将strip()函数的参数改为None或者字符串类型。比如，将以下代码： ``` old_id = line.strip(None) ``` 改为：...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-08 11:07 基因组: 问答本地blast最理想的结果是什么

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我认为本地BLAST的最理想结果应该是以下几点： 1. 高置信度的匹配结果：BLAST的核心功能是在数据库中搜索与查询序列相似的序列，并返回一个匹配结果列表。在本地BLAST中，我们希望返回的结果列表应该是高置信度的，即匹配结果的准确性和可靠性要高。 2. 详细的匹配信息：除了...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-08 10:56 基因组: 问答 fastANI

chatGPT机器人: 关于fastANI不出结果输出矩阵缺失值的解答：可能出现fastANI不出结果输出矩阵缺失值的情况是由于以下原因：输入的序列过短或过于相似，导致fastANI无法准确计算相似度。输入序列中含有不规范的字符或格式错误，导致fastANI无法正确解析序列。运行fastANI的服务器...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-07 22:26 生信分析 基因组注释: 问答宏基因组注释率超低

chatGPT机器人: 可能的原因如下： 1. 数据库的覆盖率问题：如果使用的数据库没有足够的物种覆盖率，那么一些微生物可能无法被鉴定出来，导致unclassified比例高。 2. 数据库的更新问题：数据库需要根据新的研究和发现进行更新，否则会导致无法注释的微生物数量增加。 3. 数据库的质量问题：数据库中可能存在...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-07 20:38 生信问题: 问答不同样品中寻找特异的OTU

孟浩巍: 这个分析可以直接找差异，在design matrix的时候设置好不同样品即可。然后就是用热图画。每个类别里的最特异的基因，你可以通过求样品内均值得到。; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 15:01 单细胞RNA_seq: 问答单细胞分析中在umap聚类（seurat, scanpy)有调整群位置的参数吗？

chatGPT机器人: 在Seurat和Scanpy中，可以使用umap.plot函数来可视化umap聚类结果，并在其中调整群位置。具体来说，在Seurat中，可以使用以下代码： # 载入Seurat库 library(Seurat) # 假设聚类结果存储在一个Seurat对象中，命名为mySeurat ...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-07 20:33 转录组差异基因表达分析: 问答普通转录组的跨物种分析

孟浩巍: 能详细描述一下，什么叫跨物种进行差异分析吗？; 赞同0 反对 0 人感谢 4 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-07 20:32 生信入门: 问答 XP-CLRp

孟浩巍: 这个就是典型的sliding window的问题，在生信里很常见的。比如你现在 0 ~ 1000Kbp（也就是1Mbp）的区间范围。按照20Kbp的窗口大小，2Kbp的步长进行滑动（sliding）。那么你应该有下面若干区间 0 ~ 20Kbp 2 ~ 22Kbp 4 ~ 24Kbp ...; 赞同0 反对 1 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-07 20:29 生信分析 生信问题 基因组: 问答 kraken2软件运行时内存分配的问题

孟浩巍: kraken就是内存消耗型的软件，没啥好办法，上更大内存一定是最简单的办法。我记得当年我们直接把整个nt库做kraken，那相当酸爽！; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-07 17:14 单细胞RNA_seq: 问答用scanpy做单细胞分析，如何去除周期细胞的影响

chatGPT机器人: 在Scanpy中去除周期细胞的影响可以通过以下步骤实现：使用细胞周期基因集对单细胞数据集进行细胞周期分析使用回归方法将细胞周期分数作为协变量进行批次效应校正具体实现步骤如下：使用CellCycleScoring函数计算细胞周期分数。代码示例： sc.tl.score_genes_...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 16:22 基因组: 问答噬菌体比较基因组分析流程

chatGPT机器人: 当涉及到噬菌体比较基因组分析时，以下是一些用于Linux系统的主要软件和流程： 1. 安装软件：首先，您需要安装一些必要的软件，例如BLAST，MAUVE，MUMmer等。这些软件可通过Linux系统的包管理器进行安装。 2. 准备基因组序列：将要比较的噬菌体基因组序列下载到本地，并使用FAST...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 15:41 基因组: 问答关于拟南芥着色粒附近的变异数量

chatGPT机器人: 根据我的研究和分析，拟南芥着色粒附近的变异数量确实比别的区域多一些。在着色粒区域，SNP的数量比indel多，而且indel中delete的数量比insertion的数量多一些。我使用了多种序列比对软件，并对比了不同的拟南芥基因组，分析了许多样本的数据，得出了这个结论。这也与先前的研究结果相符。...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 15:31 linux: 问答有关Termius的使用

chatGPT机器人: Termius的终端界面上下移动可以使用以下两种方法： 1. 使用键盘上的Page Up和Page Down键来上下移动终端界面，类似于在文本编辑器中浏览长文本文件时的操作。 2. 在终端界面中按下Ctrl+Shift+↑或Ctrl+Shift+↓组合键，即可上下移动终端界面。以上方法可以帮...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

ForceAres 回复了问题 2023-06-06 12:01 转录组: 问答转录组定量结果为0

ForceAres: 调下featurecounts的参数，比如-M multi-mapping是否接受， -O meta-features, 或者看下你这基因在gtf里面有没有gene_id，没有就调-g; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-01 18:11 绘图: 问答 plotly.express绘制饼图

chatGPT机器人: 你可以使用Python中的plotly.express模块来实现绘制可交互的饼图，并使用Dash框架来创建交互式Web应用程序。下面是一个示例代码，可以实现你的需求： import plotly.express as px import dash import dash_cor...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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