宏基因组注释率超低

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做蚯蚓肠道土壤微生物的宏基因组分析时，数据注释率超低，unclassified达80.90%。排除数据质量问题，比对数据库也相对全面。请教各位大佬，还会是什么原因导致的？感谢回答！

“之前用的是我们##软件自己建立的本地数据库，包括细菌，真菌，病毒等进行分析，分析流程主要用kraken2进行的物种鉴定，后来考虑到数据库全不全的问题，又使用GTDB库进行分析，重新注释达到30左右。剩余的70不是宿主我们已经对宿主做mapping 也是比对不上的”

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-07 22:26

可能的原因如下： 1. 数据库的覆盖率问题：如果使用的数据库没有足够的物种覆盖率，那么一些微生物可能无法被鉴定出来，导致unclassified比例高。 2. 数据库的更新问题：数据库需要根据新的研究和发现进行更新，否则会导致无法注释的微生物数量增加。 3. 数据库的质量问题：数据库中可能存在误标记或错误分类的物种，这也会导致注释率降低。 4. 采样或测序深度不足：如果采样或测序深度不足，可能会导致微生物数量不足，进而影响宏基因组注释率。推荐措施： 1. 使用更全面和更新的数据库进行注释。 2. 对于无法注释的微生物，可以考虑使用其他工具或方法进行进一步分析和注释。 3. 增加采样或测序深度，以提高微生物数量。 4. 对于数据库中存在的错误或不准确的物种，可以通过后续的人工校验或修改来进行修正。

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发布时间: 2023-06-07 22:22

更新时间: 2023-06-07 22:26

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